刘裕的军队且战且退，敌军气盛，刘裕的兵将死伤殆尽，形势极其不妙。这时刘裕退到了前夜设伏的地方，他见遍地是阵亡士兵的尸体，心生一计，命令左右停止撤退。敌军追到近处，便看见了一番奇怪的景象：刘裕手下的士兵正忙着脱取死人的衣物，行动从容不迫，毫无退兵的意思。敌军颇感意外，又对之前的中伏心有余悸，怀疑刘裕仍有伏兵，踟蹰不前。刘裕乘机大呼作战，气色凶猛。敌军慌了阵脚，赶忙引军而退，刘裕这才率领军队缓缓退兵，安全地返回了治所。
（刘裕这一招也可以看做是变相的“空城计”。仅就这几次战例而言，他从一开始就不是一个混迹行伍的小混混，而是很有些天赋的将帅级人物，他不但会打胜仗，也很会打败仗——不要小看这一点，很多牛人都做不好这个课题。战争中忌讳的是一败而溃，不可收拾，很多时候，失败并不可怕，溃败才是真正的损失惨重，刘裕能够做到“败而不溃”，这恐怕是他能够脱颖而出，成为东晋末年最杰出将领的一大关键特质。说到“空城计”，历史上曾有多次著名战例，偏偏流传最广的诸葛亮的空城计不是真的，用兵难在虚虚实实，这辨史的难处，也恰在这虚虚实实。）
孙恩没捉住刘裕，但终于腾出手来攻破了沪渎，又乘胜由水路进军，一直杀到刘裕的老家丹徒，一路上收编了成千上万的楼船和士兵，声势浩大，震惊了建康朝野。刘牢之这时驻兵在山阴（今浙江绍兴），来不及增援，便命刘裕从海盐倍道前行，阻击孙恩。刘裕与孙恩的大军在丹徒一带相遇，当时的情形是：刘裕的军队不满千人，日夜兼程，远道而来，已是疲惫不堪，而丹徒本地的守军又毫无斗志；孙恩则有数万部众，双方差距极大，人们无不为刘裕捏一把汗。没想到刘裕还就做定了孙恩的克星，连续几个月没碰上对手的孙恩与刘裕的军队一照面，立即吃了败仗。他的部众登上蒜山，满以为占据了有利地势，夺取丹徒易如反掌，却马上遭到刘裕的袭击，一触即溃，不是坠下山崖摔死就是掉入水中淹死。孙恩狼狈地逃回船上。
经过这场败仗，孙恩不敢再轻易登陆，对刘裕更是惧怕万分。他倚仗人多船大，重整部众，向建康进发。守卫建康的司马元显哪里是对手，屡战屡败，幸好孙恩的楼船因逆风行驶，无法提速。不久孙恩听说刘牢之已赶回建康，心中发虚，改沿海岸线向北，占领了防备松懈的海滨城镇郁洲（今江苏连云港一带）。东晋朝廷见刘裕战功显赫，便提升他做下邳太守，去攻打郁洲。刘裕果然再度击破孙恩主力，一直将孙恩赶回大海。
孙恩的势力自此一蹶不振，可是，颓势的东晋政权却没半点好转的现象，反而深陷重重危机之中。谁也没有想到，接下来的一场江南大内斗，竟然使这位靠打仗起家的刘裕在南北朝初期的政治舞台上成为一等一的主角。
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二 桓玄的野心（1）
孙恩进逼建康时，远在荆州的桓玄上疏请求顺江而下，###反贼。建康城里的实权派司马元显忌惮桓玄，宁可大力提拔刘裕等一批寒门将士，也不愿桓玄来国都，招惹麻烦。他以安帝的名义下诏，让荆州的军队就地待命，建康这边有北府兵扛着，足以应付。
荆州那边也是野心颇大，这桓玄乃是桓温之子，自然也就继承了不少相似的基因。他老爹当年就想称帝，只不过时运不济，支持率也没高到满朝劝进的水准，才饮恨而终。桓玄的才干比其老爹差之远矣，却能赶上一个“好年成”：东晋朝廷内外交困，司马道子父子与刘牢之这两派貌合神离，正好有隙可乘。于是他就给司马道子写信，把这位皇叔狠狠地讥讽一番。信的内容收录在《晋书·司马道子列传》中，通篇骂人不带脏字，写得还颇有些意思：
“贼造近郊，以风不得进，以雨不致火，食尽故去耳，非力屈也（孙恩没能攻下建康，不过是缺少天时地利，不是打不过你们）。昔国宝（王国宝）卒后，王恭不乘此威入统朝政，足见其心非侮于明公也，而谓之非忠（关于王国宝、王恭等人的内乱，可参见前作《纵横十六国》）。今之贵要腹心，有时流清望者谁乎？岂可云无佳胜？直是不能信之耳（当今的高官显贵，哪有什么名流清望？难道说没有好的么？只是彼此不能信任而已）。用理之人，然后可以信义相期；求利之徒，岂有所惜而更委信邪（对于讲道理的君子，才可以用信义来对待；对于追求利益的小人，还讲什么信义？——这句话至理，古往今来若论“信义”二字皆是如此）？尔来一朝一夕，遂成今日之祸矣。阿衡（古代官名，指辅佐之臣）之重，言何容易，求福则立至，干忤或致祸。在朝君子，岂不有怀，但惧害及身耳。玄忝任在远，是以披写事实（满朝文武不是不懂这个理儿，只不过是怕害了自身，我桓玄忝任在外，就撕破脸皮说真话啦）。”
一封短信句句切中要害，表面上在讲大道理，底下尽是刀子。司马道子父子读着心惊肉跳，惴惴不安。司马元显身边有个谋士叫做张法顺，深受司马元显宠爱，读了这封信，就劝他先下手为强，乘着桓玄在荆州立足还不算太稳，以刘牢之的北府兵为前锋，出兵###，必能搞定桓玄。司马元显迟疑不定，恰好桓玄的部下、武昌太守庾楷送来一份大礼，主动请缨做内应，配合朝廷方面的军队夹击桓玄。司马元显大喜，便在晋安帝元兴元年（公元402年）正月称诏将桓玄的罪状罗列一遍，大举水陆两路###。
桓玄远在荆州，认定朝廷方面刚刚遭受了孙恩之乱的破坏，问题多多，不可能有机会马上来找他麻烦，并未采取任何预警措施。幸亏桓氏朝中有人，桓玄的堂兄太傅长史桓石生发来密信，通报消息（司马元显本打算除尽桓氏，他宠幸的骠骑长史王诞正好是中护军桓修的舅舅，几句好话之后，司马元显便找不着北，没再处置姓桓的子弟。株连本不是什么光鲜之事，但司马元显的这次仁慈终于为自己掘下了坟墓）。
桓玄惊恐之下打算固守江陵，缓图良机。旁观者清，长史卞范之说：“桓公声威远近闻名，天下震动；司马元显乳臭未干，刘牢之不得人心（前面说过，刘牢之的北府兵打仗很厉害，但军纪太差，在朝野都没啥好名声：在朝是怕他功高压主，在野是恨他贪得无厌），如若我们的军队能够逼近京城，恩威并施，管叫他们土崩瓦解。岂有引敌入境，自寻死路之理？”
桓玄这家伙，见解和志向比司马道子父子要强得多，但终究还是一路货色，对相似的谏言反应也是相似。他听闻此话，信心顿增，让哥哥桓伟留守江陵，自己则上表传檄，以彼之道还治彼身，列举司马元显的各项罪行，然后率兵顺江东下，直奔建康而来，沿途如入无人之境，为数不多的几次抵抗被轻松打退，豫州刺史、谯王司马尚之也被擒。
刘牢之在此时起了“关键作用”：他挂着司马元显的“前锋都督”的名头，大战来临之际却采取观望的姿态，驻兵在溧洲（今江苏南京西南长江中）。他的儿子刘敬宣、外甥何无忌，以及刘裕都认为荆州兵强过司马元显的江东兵，应率北府兵主动进击，以除后患。刘牢之则认定平定桓玄不难，但狡兔死，良狗烹，若消灭桓玄，将来必被司马元显所制，不如先利用桓玄的势力除掉司马道子父子，再做打算。桓玄也看透了刘牢之的心思，不失时机地派了刘牢之的族舅何穆来劝降。刘牢之便顺势上了“贼船”，让刘敬宣去桓玄营中投降。
司马元显没了真正可用之兵，哪还有什么抵抗的意志，他听说桓玄已经到了京城南面的新亭，就弃了战船退回建康。桓玄的军队尾随而至，在后面挥刀大喊：“放下武器！”司马元显的兵众立即崩溃，司马元显逃回府中，身边只剩下“狗头军师”张法顺一人而已。见到老爹司马道子，二人只能相对而泣，一筹莫展。这对有野心却无能力的父子束手就擒，桓玄下令斩杀司马元显一党，继而又吩咐手下人把司马道子秘密毒死在流放的路上。
桓玄初步掌控了建康的大局，紧接着就采取了三项措施巩固其权力：
首先是任命刘牢之为会稽内史，这个职务表面看是一郡权力上的，实际上却剥夺了刘牢之对北府兵的控制权。刘牢之一介武夫出身，视兵权为命根子，心里有意据江北对抗桓玄。他私底下找到刘裕，商量对策。刘裕何等聪明，当即指出桓玄“新得志，威震天下。三军人情，都已去矣”，现在要和他对着干，怕是没戏。他向刘牢之请求返回老家京口。将领何无忌向刘裕请教当前的局势，刘裕答道：“我看刘牢之难逃一死，你不如和我一起回京口，以观其变。桓玄若是甘为人臣，我们就老老实实地跟着他干。如若不然，你我还可以起兵图之。”
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二 桓玄的野心（2）
刘牢之召集手下开会，还想谋划###桓玄。参军刘袭气呼呼地说：“天下最不该做的事就是反叛。将军当年反叛王恭，最近反叛司马元显，现在又要反叛桓玄；一人三反，还凭什么立足天下？！”说罢拂袖而去，其余将领也纷纷离去。刘牢之这才慌了神，让儿子刘敬宣去京口迎接家眷，约定的时间没见着人，以为事已败露，带着本部人马仓促北逃，逃到新洲，走投无路，自缢而死。几乎是北府兵代名词的刘牢之就以这样狼狈的方式结束了他的一生。
（从桓玄出兵这件事前后刘牢之和刘裕的不同表现，我们就可以看出二者的差距：刘牢之军事方面很强，但在其他方面近乎白痴，尤其在利害关系的判断上显得相当幼稚，他又在政治立场上做“三姓家奴”，毫无信义可言，得不到大多数人的支持，这样的人可以拿来做成大事的工具，而不可能自己成就大事；刘裕则不同，虽说王夫之等人在史评中指责他其实也�