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清帝国的军队再次进行了可怕的报复，但是豁免了喀什噶尔地区的赋税。一支来自伊犁和乌鲁木齐的2，360人的军队加强了喀什噶尔的驻军。枢纽之地巴尔楚克也是通往喀什噶尔、叶尔羌、阿克苏与和阗各条道路的总汇，清朝在这里建造了一座新城（Yangi Shahr），与老回城分开，屯驻一万五千到二万名用步枪 武装起来的步兵。每当西部各地区需要军事力量时，首先就从那里调派。由于入侵而加强了的东突厥斯坦人和汉族移民之间的敌意，暂时终止了向喀什噶尔地区阿奇克雅黑移民的努力，但是政府仍然实行它的移民政策。1848年初，惧怕失去贸易权利的浩罕，派来一名使者否认它对七和卓的入侵负有任何责任，并表示继续对清朝皇帝“恭顺”。北京除了接受这种辩解之外也别无良策，从而再次确认了浩罕的全部权利。①清朝当局——特别是喀什噶尔和叶尔芜的阿奇木伯克们——与浩罕的阿克沙哈勒之间仍“不相合”，后者将“他们所受虐待的怨言”传回浩罕。在喀什噶尔东北约四十里的阿斯图（下）阿尔图什——也叫阿尔泰（金山）阿尔图什——清朝的地位特别脆弱，因为存在着对官方的诛求的愤慨情绪。阿斯图阿尔图什也被认为是十世纪黑汗王朝沙土克·布格拉汗的安葬地，历来传说把伊斯兰教传入东突厥斯坦的成就归功于他，玛赫杜姆家族则宣称是他的后人。这个朝圣的重要地方的护陵人米尔·阿赫麦德·谢赫据说是六城地区仅次于阿奇木伯克的最富有的人，他也是白山派首要的宗教人物，因此浩罕能够在他的帮助下搞一些活动。1852年，倭里汗、卡塔汗、克希克汗和铁完库里和卓带了一支主要是柯勒克孜人的军队，袭击阿斯图阿尔图什附近，进而侵犯乌什土鲁番卡伦，一直到清军把他们打跑为止。有一个时期当局拒绝恐吓，封闭了喀什噶尔浩罕的道路，停止了浩罕阿克沙哈勒向喀什噶尔外国商人征税的权利。②在叶尔羌则笼罩着全然不同的气氛，那里黑山派占上风，和讨厌的对外关系没有联系的克什米尔和巴达赫尚商人支撑着该地 区的经济。印度北部的古拉布·辛格1842年对拉达克的统治建立以后，克什米尔的披巾商人告诉叶尔羌人如何清理粗羊毛，因此叶尔羌所产“土鲁番的”（乌什土鲁番的）和“库车的”羊毛在质量方面与拉达克羊毛相等，或者超过了它。叶尔羌输出的披巾羊毛由此增加了，它全部取道列城运往克什米尔。作为交换，鸦片输入（清朝当局不再禁止）迅速增长，在十九世纪四十年代末期成为贸易的主要项目，总计每年至少一万六千磅，价值达一万二千英镑。因为叶尔羌每年输出到列城的货物值一万八千英镑，并不足以抵补每年由列城输入的价值二万一千英镑的货物，所以叶尔羌商人要用白银支付超过部分。和准噶尔地区对俄国的贸易正好相反，六城地区对印度的贸易出现了逆差。
然而，在七和卓之战以后，收支差额开始改变了。白银和其他中国本土出产的货物原来是叶尔羌列城印度贸易的主要商品（茶、丝、宝石、黄金、基连和贵重药材），现在不再大量运来六城地区。因而，在五十年代叶尔羌向列城出口的货物缩减了，输出的大部分是六城地区的本地产品，主要是披巾羊毛和大麻汁。
叶尔羌的对外商业开始衰落了。沿着商路的盗匪增加了。强盗们出没于叶尔羌列城的诸商路上和通往巴达赫尚的道路上。商队开始武装来往，但不时被一百到二百五十人组成的袭击队伍所击败。虽然贸易衰落，但据1853年访问了叶尔羌三个月的英国代理人阿赫麦德·沙·纳赫什班迪·赛义德和卓说，“人民对他们的统治者是普遍满足和中意的。在乡下除了土地税之外没有其他赋税，土地税约当生产物的十分之一”。在满城中大约有六、七千清军，但是他们“和农村中的百姓很少或没有交往”。①英国和古拉布·辛格（1846年印度政府立他为查谟和克什米尔的大王）两者现在都在探索增加他们对叶尔羌贸易的方法。古拉布·辛格作了一些“软弱而无效的”努力想劝说叶尔羌的官员们给他以在实际和名义上管理克什米尔阿克沙哈勒的权力，因为后者“不听来自查谟的命令”。但是大王在六城地区的影响“不够大，不足以使阿克沙哈勒免职而另委他人”。大约在1856年，古拉布·辛格又转而直接求阿克沙哈勒本人，派了一名代表“去为他（大王）安排向列城商人征税之事”，但是阿克沙哈勒却答复说，古拉布·辛格必须首先为路途上商队的安全提供保证。1857年古拉布·辛格死后，他的儿子兰比尔·辛格派遣另一个代表前往叶尔羌继续提出他父亲的创议，但是清朝当局将代表阻拦在城外的一个卡伦上“达六月之久，以后又将他不体面地赶出叶尔羌”。①英国人自己只限于收集情报，主要交由本地代理人去做。然而在1856年，两个欧洲探险家封·什拉琴威特两兄弟赫尔曼和罗伯特经过喀喇昆仑隘口进入和阗河流域，并由七名叶尔羌人陪同。这两兄弟看到这些牧羊人是用俄国枪武装起来的，就在到达距额里齐两、三天行程的地方后带三名和阗人一起往回转，因为他们担心会与清朝边境官员发生纠纷。什拉琴威特家的第三个兄弟阿道夫在次年进入六城地区，被当时暂时控制喀什噶尔的倭里汗下令杀死。
和平静的叶尔羌相反，喀什噶尔和库车两地区的叛乱情绪在沸腾。1854年，一个叫沙木蒙的人宣称他是张格尔之兄玉素普的后代，在喀什噶尔地区罕爱里克庄领导一次叛乱。在库车，穆斯林与非穆斯林居住在一个城子里，穆斯林劳动者对于官员的暴 虐感到愤怒。①帝国的代表在1855年未经任何审问或经他上司的同意便处死了大约三十人。象阿斯图阿尔图什一样，库车也是一个朝圣要地，是阿勒沙德·阿丁（兴旺时期约在1350年）的陵墓所在，阿勒沙德·阿丁曾使莫卧儿人改信伊斯兰教，又是库车和卓们的祖先，这是与玛赫杜姆家族没有关系的纳赫什班迪教团的一个单独的分支。地方上针对清朝官吏的怨言加强了这些护守陵墓的库车和卓们的政治上的潜势力。
在同一年，一个名叫玉散霍卓依善（Husayn KhwājaIshān，由此名字可知他是个宗教领袖）的浩罕人，前来煽动阿斯图阿尔图什铜矿工人的不满情绪。当阿斯图阿尔图什的穆斯林捕获十三名潜入者并将他们递交清朝驻军时，他失败了。紧接着倭里汗和铁完库里和卓派遣数百军队进入六城地区，但是清军的枪声迫使他们退了回去。②1857年，库车居民心中郁积的愤怒引发了一场人民暴动。清朝迅速恢复了秩序，而浩罕（它的阿克沙哈勒仍和六城地区当局不和）利用这种不安的气氛派倭里汗和铁完库里进入清朝边境。入侵者和阿斯图阿尔图什的人民联合在一起向喀什噶尔进军。铁完库里利用喀什噶尔阿奇木伯克的不得人心，广泛散布说：“以前伊萨克穆罕默德鄂对和其他人引诱铁完库里的叔父张格尔，使之被捕并处死。现在伊萨克的儿于爱玛特和穆罕默德充当 喀什噶尔的阿奇木伯克，倭里汗是前来报仇的。”浩罕的阿克沙哈勒们和贸易团体以及察尔虎特人集合起来支持入侵者。阿奇木伯克爱玛特逃入满城。叶尔羌参赞大臣庆英立即向伊犁、乌鲁木齐和喀喇沙尔求助，亲清朝的穆夫提们发出“法帖万”（具有法律效力的意见）说：可兰经的法典（沙里阿特）要求穆斯林杀死或者活捉入侵者，他们要穆斯林一定不要和侵略者合作，以防丧失了信仰（伊玛尼）。①在此期间倭里汗攻下英吉沙尔的回城，周围地方的城镇和乡村就与入侵者共命运了。当倭里汗派遣大约七千人分两路攻打叶尔羌时，庆英的士兵迫使和卓的西路纵队撤退，但是东路纵队却对回城发起了突袭。在这时黑山派的徒众远多过白山派的信徒；另外纳赫什班迪教团的另一支穆扎德派的地方领袖（一个名叫阿卜杜尔·拉赫曼·哈达拉特的人）也有很多追随者。老百姓和克什米尔商人就协助驻军抵抗入侵者，结果，倭里汗的军队未能得逞。
在战争中受害最大的也许要数东干人了，他们受到双方的猜疑，因为他们中有许多人信奉另一种教派，即和卓穆罕默德·舍里甫·彼尔（死于1555—1556年或1566年，葬于叶尔羌）的乌瓦依什亚派，这一派最大的力量在伊犁的东干人和塔兰奇人中间。例如，倭里汗的党羽也把东干人以异教徒论处而杀害他们。从处理阿道夫·封·什拉琴威特四个伙伴的方式中还可以看出和卓的宗教政治倾向。叶尔羌的穆罕默德·阿明是一个东突厥斯坦人，他只不过被关了禁闭。克什米尔的穆斯林阿布杜拉是“一个印度人”，被卖给一个叶尔羌人为奴，价值二十五卢比。布哈拉 犹太人摩拉达为了活命而改信了伊斯兰教，并获准与穆罕默德·阿明一起入狱，第四个伙伴是一个西藏人，因为属于中国“种族”而被处决。①不久清朝援兵从巴尔楚克前来迎击侵略者，此时包围叶尔羌的入侵军已达数万人。②清军获胜，打垮了侵略者，击毙约七百人。叶尔羌在被困约七十天以后被解围，英吉沙尔在被围百余天后也得到解围。在喀什噶尔，倭里汗的军队没有交战就逃走了。他的占领为时不到四个月。
清朝传令嘉奖西迪克比（或伯克），此人是塔什密里克的土拉吉尔钦察部柯勒克孜阿奇木伯克的后代，因为他协助平定了骚乱，并对倭里汗的同情者进行了残酷的报复。其余的人当中，当局处死了沙土克·布格拉汗陵�