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由于清帝能决定两江总督、湖广总督以及江苏和湖北两省巡抚等职的人选，所以对财源的间接控制还能使李鸿章的淮军也置于清帝掌握之中。1870至1871年的淮军军费每年达七百万两，其中38％来自江苏省的厘金税收入，29％来自上海和汉口的海关，15％来自其他省份的“协饷”，所余主要由江苏和湖北省库拨付，②这与剿捻战争的最后几年相似。清帝为了继续表示全力支持李鸿章，1868年初任命李鸿章之友丁日昌为江苏省巡抚。1868年9月，当支持李、丁二人的曾国藩调任直隶总督时，李鸿章的同科进士闽浙总督马新贻（1821—1870年）被任命为两江总督。清帝显然极为倚畀李鸿章，视之为最有用的心腹臣工。
1867年当剿捻战争快结束时，李鸿章已被任命为驻湖广总督，他在1869年1月才来到武昌，但在11月又奉召去四川调查吴棠总督被参劾贪污的案件。李鸿章在四川时，还负责处理川、贵两省爆发的反基督教案件。1870年2月，他奉命去贵州负责征剿那里的叛乱者。但在3月中旬正当李鸿章在准备他的西南远征时，他又奉召去陕西与回民作战，那时左宗棠在全力对付甘肃省的叛乱者。李鸿章于5月到达陕西；他似乎命里注定要协助镇 压第三次大叛乱了。但是在6月，所谓的天津教案增加了与法国作战的可能性（见第十章），于是他又奉命率领其大部分军队立即返回直隶省。8月29日他被任命为直隶总督，接替在患病的曾国藩。清帝对李鸿章的恩宠与日俱增，他也多次为国效劳和用其他方式来报答这种恩遇。芮玛丽指出：“李鸿章终其身的那个时代，更象是太平军以前钦差大臣奉命来回奔波的时代，而不象是民国初年军阀割据的时代。”①那么，十九世纪七十年代的中国是否很象太平天国前几十年的中国呢？当然，不能够忽视范围更广的外部世界，即李鸿章要全力对付的那个“民族力量日益扩张的凶恶的新世界”。对他在这方面的表现不管你想怎么说，他本人以及他开始懂得与华尔和戈登一起去争取的西方武装确实给保卫北京本身的那个省带来了安宁——或者毋宁说，有力地制止了混乱。李鸿章也不是用武力强行维持国内秩序的唯一官员。在山东和河南，新勇营已在不断发展，同时又象直隶省那样，两省还独立地大力把绿营军重新训练成所谓的练军。巡抚丁宝桢效法直隶的曾国藩，在1869年10月得到清帝批准，改组有一万四千名士兵的山东绿营军，遣散了大批疲而弱者，并对较精悍的进行训练。1872年河南巡抚上奏说，他已向由地方官或派往该地的将领监督的绿营军“营汛”灌输了力量，从而能找出潜藏的奸盗。②与日益注意到中国国际关系的李鸿章不同，这些巡抚更关心维持国内秩序和筹集财源等重大任务。
当然，巡抚和总督还有提高学术、移风易俗和整饬吏治的任 务。这些都是咸丰和同治时期的上谕中三令五申的理学要务。但事实上，注重八股文的科举制度形成了自己的力量。官绅在府县所办的书院除了培养少数擅长写华丽空洞的韵文的优秀学者外，很少有其他成绩。为了鼓励绅商平民为战争捐款，清帝自1853年起就批准了长期增加各省地方上生员的名额。到1871年当不能再听任长期增加生员名额时，在每年的府学考试中生员的全国限额已增加了20％——从1850年的25，089人增加到30，113人。但在省一级每三年的乡试中，录取士子的全国限额保持在1851年的1，770人这一数字以下——1881年下降至1，254人，但到十九世纪八十年代中期又恢复到正常的1，500人左右。（例如，在1881年，江苏和安徽二省举人的名额只有114人，山东省60人，广东省72人。）①为了帮助有前途的考生（包括那些已有低级功名但准备参加高级考试的人），认为有必要增设书院。现有的研究材料说明，在同治时期，直隶省成立了二十九所这样的书院（它们或是新设，或是在废弃旧书院基础之上成立的），而在道光时期成立了三十七所，咸丰时期成立了十所。在广东省，道光、咸丰和同治在位时成立的新书院分别为四十六所、二十八所和三十一所。②这样，另一个战前的制度得到了恢复。但是，生员名额增加20％一事，意味着新书院甚至不得不更加注意练习写八股文，可是学生甚至对从中挑选片言只语作为文章题目的《四书》的意义也不很了解。每个书院通常只能收十至十五名学生，超过百名的极少，这就进一步限制了它们的作用。
道光年间各省高级官员不时筹措捐款，在省会或其他大城市兴办从事真正学术研究的书院。这种专门书院通过杰出的学者来 领导，对学术空气能产生相当大的影响。1840年后的十六年，陈澧（1810—1882年）担任了广州学海堂的山长（见第六章）。1858年，当英军占领广州迫使陈澧逃离时，他已经出版了在以后几十年中有着深远影响的《汉儒通义》。他虽然长期住在广州，但很少谈到当时城内外国人的挑战，不过他在1858年写的文章确实提到了国内施政不当的问题，例如他说过：“政治由于人才，人才由于学术”。陈澧是学海堂创办人阮元（1764—1849年）所创汉学派的一位学者，他认为，务必不要以为重视训诂考据就是忽视“义理”，这比阮元走得更远。虽然不应放弃实证的训诂学，但也应研究经学内包含的道德伦理意义；但陈澧又认为，汉、唐、宋历代大学者已对经学作了权威而透彻的解释。他虽然给予程朱理学以应有的尊重，但断言宋代哲学家本身的哲学理论却不如他们的注疏那样有价值。尽管陈澧非常爱好训诂考据，却仍持通常的见解，认为汉代甚至唐代学者早已掌握了儒家经籍中的真谛。因此，与经学本身及宋代的注疏一样，他们的各种注疏对学者也有帮助。事实上对大部分学者来说，集中研究某一种经书，再辅以标准的注疏，要比浏览许多古典经籍更为可取。使人感到矛盾的是，陈澧就这样把自己严谨的训诂考据与古代经学中近乎神秘的信仰结合起来了。①在整个同治时期，当陈澧继续在重建的学海堂任教并主管了一个从事高级学术的新书院（1867年广州盐政使创办的菊坡精舍）时，他的影响迅速扩大。他提出关于只习一经而再辅以注疏的主张，本质上就是1863年的进士和1873至1876年的四川学政张之洞这个年轻人，应用于他在四川省创办的一所新书院的宗旨。②同治时期的学术界中，在1864年被李鸿章任命为苏州正谊书院山长的冯桂芬（1809—1874年）代表了另一种倾向。当1863年他在江苏推行田赋改革时，事实上他已有了一项较全面而激进的改革计划。他在1840年成为翰林前曾当过江苏省某些官员的幕友达七年之久，他最初只是一名知县的幕友。他主张研究经世治国之道，推崇顾炎武的论述地方吏治和社会问题的文章。到1861年末，他完成了四十篇文章并汇编成集，名为《校邠庐抗议》。①他所提出的具体改革要比魏源激进得多（见第三章）。他对西方国家的力量和制度的赞赏更甚于魏源。魏源对旨在使国家富强的行政和军事效能似乎已有一种准法家式的酷嗜心理，而冯桂芬应付西方侵略挑战的心情虽然与魏源同样迫切，但他还关心着人民的福利，特别是小自耕农的福利，因为他认为这些人是社会的支柱。他的论文无情地抨击了造成严重弊端的顽固的清代制度：如微薄的官俸、官场上惊人的繁文缛节、受人蔑视但能发财致富的衙门吏役、捐纳官职现象的大量存在以及不公平的赋税等。他的激进建议中有这样一条：以称为“幕职”的文人（选自在乡试中不幸落第的生员）来代替全部衙门胥吏。为了激励这类属员能有良好的表现和行为，他们在职九年后应有机会升入仁宦正途。冯桂芬还进一步提议，县以下基层机构中那些甚至没有小绅士地位的“董”，应由村民用片楮选出。“满百家公举一副董，满千家公举一正董。”这类民选官员支领月俸，每人任期三年，并有权在土神祠中会同农村耆绅审断争端。这一级的基层政府再以巡检来充实。巡检从获得低级功名并