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1338年，第二代幕府取代了第一代幕府的统治。武士阶层开始扩展，和第一代幕府时期有了很大的不同，武士和古老的贵族间世代相袭的家族关系日渐淡薄。将军将第二代幕府建于天皇的旧都——京都，并试图在新的武士精英中建立起高度的文化。日本历史的这一时期通常依当时幕府将军的姓而称为“足利时代”，或者是根据幕府的所在地——京都的一个偏僻郊区而称为“室町时代”。
在1868年的明治维新时期以前，日本始终没有一个政府能统一整个日本。名义上，天皇政权统治着整个国家，但事实却并非如此。在和其他政治集团的斗争中，皇室家族从来就没有占据过中心地位。虽然名义上人人都承认天皇的统治身份和政治地位，而实际上皇权的统治，只能涉及一个很小的范围。
因此，在当时的日本，并存着两种政权的统治，一为皇族政权的统治，一为武士政权的统治。由于遍布日本的各个武士集团的互相争斗，政治局面错综复杂，将军们的统治也并非那么稳固。所以，镰仓幕府的统治并不是绝对的，而到了室町时期，幕府的统治则进一步削弱。可以说，分裂、叛乱、内战是十五、十六世纪日本历史最显著的特征。
这个时期，即为日本历史上著名的战国时期。此时，战乱四起，任何人，只要拥有武器就能参加战斗。下层武士纷纷反叛，起来颠覆上层武士阶级的统治，日本朝野陷入一片混乱之中。直到十六世纪末期，才有一股力量异军突起，重新建立了统一的霸权。而第三代幕府的建立，正是这些霸权统治的结果。
以日本社会的传统观点来看，第三代幕府的建立者无疑是个暴发户和篡位者。意识到这一点，他设立了一套严密的制度来约束和控制武士的行动，以防类似的反叛再度发生。他把自己的都城迁到了日本东国，远离旧贵族和皇族统治的中心地带，新将军解除了农民的武装，剥夺了武士的身份，并放遂了所有的武士。在日本历史上，这一时期通常依将军的姓称为“德川时代”，或者根据新都城的名字，称为“江户时期”（江户即今天的东京）。
在德川幕府统治时期，根据和德川家族的关系，日本分为两百多个小诸侯国。幕府通过联姻、世袭、土地割让、人质扣押等方式，对其加以控制，各诸侯国被迫削减武士随从，于是出现了大批被称为“浪人”的失业武士。许多被剥夺了身份的武士成为学者或僧侣。但也有一些仍然坚持兵法的修行，并把领悟到的义理传诸人群。还有一些就堕落为流氓和罪犯，最终成为德川末期最严重的社会问题之一。由于宫本武藏和柳生宗矩的身份地位的不同，《五轮书》和《兵法家传书》无论在技巧的论述还是哲学思想上都有很大的不同。宫本武藏是一个以决斗为业的无主武士，是一个兵法教习者，而柳生宗矩则为著名的战将，是幕府中心政府的大臣。
《五轮书》
宫本武藏的著作视兵法为纯实践的事业，反对空谈剑术，而注重对战斗中“心理动向”和“身体动作”的双重研究，认为兵法的根本就是制胜之道，克敌之法。他的兵法理论中的好胜之勇和无情残忍之精神，都是当时一日本一般的兵法家所不具备的，他集中代表了日本武士阶层中的一个类型。
虽然关于宫本武藏的一生有许多的传奇，但真正记载他的生活的史料却不多。因此，他在“五轮书”中的自序就成了第一手的历史资料。十三岁的时候，宫本武藏第一次参加了决斗，与“新当流”的剑道名人马喜兵卫比武，并结果了他的生命。二十九岁时，在岩流岛，与著名剑客佐佐木小次朗决战，以手制的木刀击毙对方，这也是他最后一次参加决斗。出于某种原因，宫本武藏放弃了真刀真剑与人的拼斗，但究其生命之终，他都没有放弃过战斗。
在宫本武藏生命的最后三十年中，他专心致力于武功、剑道和兵法的探索和完善，将他的兵法理论传诸世人。宫本武藏的一生是异人的一生。据说他从不梳理头发，平常也不洗澡，终身未婚，没有家也没有子女。武藏非但精于武艺，也擅长书画、雕刻、诗歌等多种技艺。
生于动乱，长于战斗，最终目睹了前所未有的和平时期到来的宫本武藏，因而放弃了常人的生活，去阐发和传播古兵法的两个基本要素——心定、善思。
在这些兵法的基本原则中，最首要的是：即使在极端的混乱中，也要保持内心的镇定和澄净。其次是要不忘动乱发生的可能性。作为一名生活在两个完全不同的世界——战争的世界与和平的世界的武士，宫本武藏不得不以一种极端的方式来修习武士之道的各个基本方面，他的异乎常人的敏锐和残暴，都是后人极难超越的。
《兵法家传书》
尽管同为一个时期的职业武士，柳生宗矩的生活却和宫本武藏有着很大的不同。柳生宗矩传承了其父的剑技流派，1601年，当他三十岁左右时，他担任了德川家光的私人教师。两年之后，德川幕府成立，1605年，家光成为德川幕府的第二代将军，而柳生宗矩则任将军家兵法指导。
在新幕府成立初期，统治尚未稳固，动乱时有发生，柳生宗矩正是在这些巩固幕府统治的战斗中赢得了显赫声名。其中著名一例是：一次，将军意外地遭到了埋伏，柳生宗矩以其“杀人刀”，一人砍倒了七个进攻之敌。就这样，柳生宗矩成为一位著名的武士和剑法宗师，越来越多的诸侯和王孙贵族都想到他的“新阴流”道场学习兵法。
尽管柳生宗矩在其军事生涯中取得了辉煌的成就，但他自称直到五十岁之后才真正了悟兵法的奥义。官本武藏也曾有类似的叙述。尽管在他年轻时的无数次决斗生涯中，他也从未败过。和宫本武藏一样，在晚年，柳生宗矩也把对毕生经历的反思，写在了他的兵法书中。
完成于1632年，同年，柳生宗矩被任命为幕府特务机构首领。在德川幕府时期，特务机构的任务主要是监视德川诸侯、家臣及下级官员的活动，辅助将军处理事务，并参加高级法庭的审判。因此，柳生宗矩的著述，在处理社会和政治事务方面，比宫本武藏有更为清醒的认识。
由四个部分组成，分别称为“进履桥”“杀人刀”、“活人剑”和“无刀”。这些均采用了禅宗的术语来作为战争年代及和平时期的武士的行动准则。“杀人刀”代表着用以消除动乱和暴力的力量。“活人剑”则是指察知和预防即将出现的问题。“无刀”是最高境界，指的是充分利用一切环境条件的能力。
禅和兵法
由于禅学和兵法有着许多的相通之处，所以，在柳生的著作中，有相当一部分兵法理论，是从禅学中引申而来的。不过，由于他并没有能真正领悟禅法，所以在他对的相通之点的阐述中，有许多不完善之处。
虽然武士夺取了日本的政权，但早在柳生宗矩和宫本武藏出生前的几个世纪，禅学大师就试图以佛法来教导武士，培养他们的心性。这并不意味着一般的武士阶层都能受到佛的启发，甚至具备佛的精神。其中一个重要的原因是佛教徒们总是忙忙碌碌，他们不光试图教化武士，还试图消除他们的愚蠢之念。除此之外，他们还要忙着掩埋死者，要抚养因为战争或贫穷等各种原因流离失所的孩子，保护被遗弃的妇女。
因此，在禅师和武士之间，不应根据学生的水平来评判老师。如果真像某些辩解者所说的那样，在日本，兵法才是学习的最高典范，那么，禅学大师就应该是武士的学生，而不是反过来。
武士阶层对日本的长期统治，是人类历史上的一个特殊现象，反映了日本及东亚的社会政治理想与现实的不一致。因为军事统治是通过武力建立起来的，所以，它决不会像它宣称的那样，完全顺从传统宗教和哲学的判断和准则，而注定要让社会和哲学的规范屈服于自己的目的之下。
兵法是武士处身立世的生存之道。尤其是主将，更应该按照兵法行事，而一般的士卒也应对兵法有所了解。在当今这个时代里，已没有武士能真正懂得兵法之道了。
首先，让我们阐述一下“道”的含义。佛家讲求的是救赎之道，儒家行的是教化之道。对于医者，他的道是治病救人；而诗人，他的责任是教人诗艺。同理，茶有茶的道，箭手有箭手的道。技艺、手段或有不同，但原理殊途同归。人们按照各自的喜好，发展各自的特长，选择自己的道。
作为一个武士，应当精通文、武二道。一个人，即使并不具备成为“武士”的天赋，只要不断努力，加强自己的文化修养和兵法修养，仍能成为一个合格的武士。
人们通常认为，武士一定要有视死如归的决心，才能称之为武士。其实，能坦然赴死的，并不仅仅只是武士。即使是地位不如武士的乞丐、妇人、农民等，也都懂得自已的责任，也同样以回避死亡为耻。在这方面，他们和武士并没有差别。
不管做什么事情，都一定要超过别人，这是武士道的基本观点。或者是在个人的决斗中取胜，或者是赢得一场战争武士能为主公博得荣誉，为自己赢得利益扬身立名。这就是兵法的价值。
当然，仍然会有人认为，即使学习了兵法，也不能保证它在需要的时候有什么实际的用途。其实，所谓真正的兵法就意味着在任何时候都是有用的，真正的兵法之理不仅适合武士，也适合一切职业的人。
论兵法
在中国和日本，以武为生者叫做兵法家。他们作为武士，就不能不学兵法。
近来，也有许多被称为兵法家的人，其实不过是精通剑术的剑客而已。最近，常陆国鹿岛香取神庙的僧侣们创建了一些道场，自称他们所教的知识是来自于神的传授，并遍游各国宣传他们的教义；不�