另外，根据协议，海军的作战要点如下：“海军以联合舰队主力支援攻略部队作战，并于登陆前使用航空母舰的舰载机空袭中途岛，空袭的主要目标是敌驻岛航空兵。”
从上述的命令来看，很明显，占领中途岛是首要目的。当然，山本大将的内心深处还有他的最终目的，那就是以中途岛决战为诱饵把美国舰队引向这方面来。所以，只要是同这一作战有关的行动，都要以先占领中途岛为目的，第二位的目的有两个：一是歼灭敌机动部队，二是把日本本土的防御圈推进数百海里，以便防止敌空袭日本本土城市。
进攻中途岛定于6 月7 日（ 东京时间） ，这是在战役开始前的一个月决定的。后来，实战证明这一攻击存在许多问题，但在当时，日本方面还是相当自信，并作了战斗编队，以为这次进攻是不会有什么困难的。当时，日本陆海军出动的全部兵力如下：
陆军1 个大队（ 一木支队，3000名士兵） 、海军陆战队2800名士兵分乘16艘运输船出击（ 此外，还有工程兵2500人） 。
山本五十六海军大将乘坐旗舰“大和”指挥全军，其舰队编制情况是：
第一，航空母舰部队（ 南云忠一海军中将） ，拥有航空母舰“赤城”、“加贺”、“苍龙”、“飞龙”，战列舰“榛名”、“雾岛”，重型巡洋舰“利根”、“筑摩”，轻型巡洋舰“长良”，驱逐舰16艘。据有关的资料记载，还有两种说法，一为11艘，一为12艘。
第二，主力部队（ 山本五十六海军大将） ，拥有战列舰“大和”、“陆奥”、“长门”、“伊势”、“日向”、“扶桑”、“山城”，载雷轻巡洋舰“北上”、“大井”，轻巡洋舰“川内”，轻型航空母舰“凤翔”，潜水母舰“千代田”、“日进”，驱逐舰12艘。
第三，中途岛攻略部队（ 近藤信竹海军中将） ，拥有战列舰“金刚”、“比睿”，航空母舰“瑞凤”，重型巡洋舰“爱宕”、“鸟海”、“铃谷”、“熊野”、“最上”、“三隈”、“妙高”、“羽黑”，轻型巡洋舰“那珂”、“神通”，驱逐舰28艘，轻型航空母舰“千岁”、“神川丸”，运输船16艘。
第四，阿留申部队（ 细萱戍子郎海军中将） ，拥有重巡洋舰“那智”、“高雄”、“摩耶”，轻型航空母舰“龙骧”、“隼鹰”，轻型巡洋舰“木曾”、“阿武隈”、“多摩”，驱逐舰13艘。
这是一支拥有百余艘舰只的实力雄厚的精锐部队。其中，除了向阿图岛和基斯卡岛出击的阿留申部队的17艘舰只外，其余80余艘的主攻方向都是中途岛。
5 月27日和29日，航空母舰部队和主力部队分别从广岛湾拔锚启航了。航行途中，令人吃惊的事情终于发生了——在联合舰队主力从柱岛锚地向丰后海峡进发途中，舰队被1 艘美潜艇发现了。当继续向前行驶时，又发现了1 艘美国潜艇。更加令人不安的是，30日这一天，攻略部队发现在它的前方有美潜艇向中途岛拍发冗长的紧急电报的迹象。接着，在途经威克岛的航路上又发现了美潜艇4 艘。综合起来看，总计约有12艘乃至16艘潜艇从日本本土至中途岛形成一个侦察网，向中途岛不断传送情报。
然而，当时联合舰队完全沉醉在自己是百战百胜所向披靡的无敌舰队的幻觉中，认为出现几艘敌潜艇“算不了什么！”仍旧按既定航线继续前进。当时，美潜艇奉命无论在什么情况下也不实施攻击，只是收集、报告日本舰队运行的情报。但是，在风驰电掣般杀向中途岛的日本舰队看来，美潜艇之所以不进攻，则是因为它们胆怯而已。这是一种何等单纯而荒谬的推论啊！如果冷静地分析一下，既然美潜艇向中途岛呼唤并发回了急电，不就说明了日本的这一秘密作战计划早已完全暴露在美国海军面前了吗？
实际上，并不仅仅如此。大约在3 个星期以前，美太平洋舰队就已获悉了日本的中途岛作战方案，舰队司令尼米兹已经命令弗莱彻的机动部队火速从珊瑚海海域返回，以加强中途岛的战备。可以说，美国为迎接这一战役的到来，早已加紧布署，正严阵以待。
（四）密码被破译——日军骄横，掉以轻心
众所周知，山本司令长官的座机被截击而抛尸荒郊就是因为密电被破译而造成的。美海军的密码破译能力、精明强干的情报网以及令人难以想象的神奇的雷达侦察能力是何等的高超啊！可以说，先进的科学技术早已决定了日美战争的胜负。
正因如此，美海军在两、三个星期以前就对日本的中途岛作战计划了如指掌了。如果说，日本海军临战前的一切准备除大本营之外要算美国海军最清楚，恐怕并不为过。
更令人惊讶的是，就连有关奇袭珍珠港的部分绝密电报，也被美海军情报机关猎获，也就是说，在日美交涉期间，美国就几乎能够正确地掌握日本舰队的动向，甚至还破译了各军舰之间的无线电通讯密码，就连昭和16年12月1 日日本海军新更换的密码都未能逃脱被美国破译的命运。12月2 日，美海军情报部曾经向太平洋舰队司令金梅尔拍发了紧急电报，电文是这样的：“今天没有获悉关于日本航空母舰的情报，根据新更换的密码判断，在200 余艘舰只中，没有一艘航空母舰，连日来日本航空母舰的行动十分诡秘。”
金梅尔对此深感忧虑，并把他的想法写在自己的日记中。这确实是一个令人焦虑不安的电报，但是，不管怎样忧虑，眼下毕竟还是和平局面。为了空袭珍珠港，日本机动部队秘密驶向单冠湾，这一行动恐怕连神仙也难以想象出来。总而言之，没有发现一艘航空母舰是令人吃惊的，如果当时日美战争已经爆发，金梅尔肯定会立即采取一切措施搜索日本航空母舰的动向。
而今，战争已经爆发半年之久，所以，美情报机关从因为胜利而放松警惕的日本海军那里事先获知中途岛作战计划，是不足为奇的。
那么，中途岛之战的结果如何呢？
战斗中，南云海军中将的机动部队单枪匹马地孤军作战，最后导致惨败。山本大将的主力部队一炮未发，当获悉机动部队溃不成军的消息后，不得已只好忍痛收兵，狼狈地向濑户内海退去。近藤海军中将的中途岛攻略部队也不战而退。其结局就好象上帝故意捉弄日本似的。
中途岛海战的作战概要大体如下：
5 月27日，南云的机动部队首先踏上征途，满怀信心地向中途岛进发。途中于6月2日遇到前所未见的海上浓雾，因而，舰队只得排成一列纵队行进，并在每一艘舰的尾部拖上浮标，利用浮标扬起的浪花作目标，在浓雾中摸索前进。可是，由于雾气越来越大，这种方法也无济于事了。至于鸣笛、探照灯信号等更是丝毫不起作用。预计浓雾在一两日内即可消失，在大雾消失之前舰队可以缓行待机，但是，如果这样，那就无法在6 月7 日这一规定的日期发动攻势，不得已，南云终于决定用无线电进行舰与舰之间的联系。
当时，南云认为，如果用长波进行舰队之间的联系，恐怕远方的敌人是不会截收到的。而恰恰是这“恐怕”二字，使南云舰队丧失了它的隐蔽性。哪里知道，这种舰与舰之间的无线电联系竟连600 海里之外的“大和”战舰也收到了。毫无疑问，它对正在搜索日本海军情报的美国海军来说是一个天大的恩赐。当时，美国特混舰队离日本机动部队只有几百海里，完全有侦听到日舰电报的可能性，但实际上美舰队没有能够收听到这个电报。
事出所料，第二天，海面雾开云散，竟是一个万里晴朗的好天气。自称是世界上第一流的航空母舰、曾在奇袭珍珠港战斗中威震四海的“赤城”、“加贺”、“苍龙”、“飞龙”4 艘航空母舰按预定计划，向右方转向疾驶。6 月4 日下午2时，日舰在近处截收到美侦察机的无线电波。4 时40分，“利根”号派出的侦察机、晚11时半，“赤城”号母舰的观察员也都先后发现了敌机，日机动部队立即派出战斗机，但没有搜索到美机。
激战的时刻就要来临了，离空袭中途岛只有两三个小时了。原订6 月7 日为登陆日，但为了击溃中途岛防御部队时抵抗势力，日军决定提前2 天发动攻击，因而把进攻日期定为6 月5 日此指东京时间，中途岛时间为6 月4 日。日军把战役成功的希望寄托在这黎明前的进攻上。
在出击的前夕，机动部队司令官南云海军中将对敌情的判断，无论是作为一个需借鉴的经验，还是作为一个应该批判的对象，都有必要告诉日本国民。南云海军中将对敌情的判断由下列7 项组成：
“敌人缺乏战斗意志，敌舰队大概会在我中途岛攻略作战开始后出来应战。”
判断美海军缺乏作战意志，显然是盲目自信，掉以轻心。相反，美海军却一方面加紧为战争作着充分的准备，一方面迅速进入临战状态，时刻准备给予前来进犯的日本海军以决定性的打击。这恐怕是导致日本作战失败的一大原因。
战况判断的第四项（ 第二、三两项从略） 南云的第二判断是：中途岛敌空中巡逻主要是向西和向南，面不是向北和北西。南云的第三判断是：敌空中巡逻半径估计约为500 海里。更显得乐观可笑：“敌人尚未察觉我军计划，可以确信至少到5日晨为止我军不会被敌人发现。”这是何等孤傲自信、荒唐可笑的判断！其实，4日下午4 时40分和夜晚11时30分，日机先后2 次发现敌机踪影，但经过追击侦察未能如愿。如果南云的情况判断报告写成“有可能被敌机发现”，那么作为思想上的一种准备，岂不是更好吗？事实是，美海军已经非常清楚地探知了日本机动部队的企图并作好了反击的准备。
战况判断报告第五项更具危险性：“没有迹象表明敌航空母舰在中途岛附近海面。”日本机动部队司令官南云中将的这种判断是建立在盲目推测之上的，是没有任何根据的想象。为什么这样说呢？这是�