宝灵向英国政府请求派兵援助，并建议与法国等联合行动。英国政府采纳了宝灵的建议，1857年7月，任命额尔金为全权专使，率领一支海陆军来华作战。同时还向法、俄、美三国政府发出照会，提议联合出兵进攻中国。
法国早在“亚罗”号事件之前，就制造了一个所谓“马神甫事件”，进行寻衅，英国的照会，完全符合法国的意愿。
1853年法国天主教神甫马赖非法潜入广西西林县活动，作恶多端。1856年2月，西林县知县张鸣凤逮捕马赖等26人，并依法判处马赖死刑。马赖受惩本是罪有应得。法国政府却以此为借口，声称要“为保卫圣教而战”。接到英国照会后，法国政府随即任命葛罗为全权专使率军来华，协同英军作战。
1857年12月，额尔金率领的英军和葛罗率领的法军在香港集结，待机行事。这时，俄、美两国派出的专使也赶到香港，同英、法专使共同谋划进攻中国的具体事宜。12月29日，英法联军在只有部分清军自动零星抵抗的情形下，一举占领广州。两广总督叶名琛俯首就擒，巡抚柏贵、广州将领穆克德讷等投敌。由巴夏礼牵头，英国将军斯托宾齐，法国军官马殿那参加，成立三人委员会，操纵柏贵、穆克德讷继续任职，成立了所谓政府。从而出现了中国近代史上受外人控制的第一个地方傀儡政权。
柏贵等受到严密监视，行动完全失去自由，未经三人委员会同意，不得发布任何命令。广州从此被英法军事占领了3年之久。
联军既占广州，英、法、俄、美四国公使便向清政府提出修订通商条约。1858年4月，四国公使到大沽口外和清政府代表谈判。英、法两国故意挑剔，谈判破裂。5月20日，英、法联军攻陷大沽。清政府慌了手脚，忙派大学士桂良和吏部尚书花沙纳赴天津议和。在侵略者的威逼下，在天津分别于6月26日、27日同英、法、俄、美等国签订了《天津条约》。
1859年6月，英法公使以换约为名，率领军舰到大沽口外，蛮横拒绝清政府指定的由北塘登陆的路线，坚持经大沽口溯白河进北京。6月25日，英、法联军突然向大沽炮台进攻，遭到中国守军的英勇抵抗，激战一昼夜，侵略军被打死打伤近500人，军舰被击沉多艘，英国舰队司令何伯也身负重伤。英、法联军逃往上海。
1860年2月，英、法两国再度从国内分别派出18000人和7000人加强侵华力量。3月，陆续到达香港的英军万余人强行在九龙尖沙咀登陆，实行武装占领。同月21日，巴夏礼诱迫两广总督劳崇光签署《劳崇光与巴夏礼协定》，强租九龙，年租银500两。4月，英法联军侵占舟山。5月，侵占大连湾、烟台。6月初，封锁渤海湾。8月，攻陷塘沽、大沽、天津。9月21日，进逼北京。9月22日，咸丰皇帝仓惶逃往热河，命其六弟恭亲王奕留守北京，负责议和。10月初，英、法联军在沙俄提供的北京平面图和军事情报的有利条件下，攻进安定门，占领北京城，火烧圆明园。10月下旬，奕代表清政府分别与英、法交换了《天津条约》换文。并新订了《北京条约》。这样，中国除允许外国公使驻京、准许内地自由传教和增辟牛庄、登州、台南、淡水、潮州、琼州、汉口、九江、南京、镇江、天津为通商口岸外，还改订了关税，并割让九龙给英国，赔偿英、法军费白银各800万两。
毒面包事件震惊中外
发生在宝灵任内的毒面包案，是香港历史上著名的事件，连总督夫人也在中毒者之列。
英国发动第二次鸦片战争，1856年10月英军舰炮轰广州，热爱祖国的香港居民异常愤怒，认为英国人完全是找借口制造事端。“亚罗号”虽是在香港注册的船只，但船主方亚明是中国人，捉的又是中国水手，不应借端开战，轰我省城，杀我同胞，因此纷纷离港返回内地，以抵制香港宝灵当局。同时，香港知识阶层在街头贴出告示，号召香港同胞离港，不运粮食蔬菜供应香港，制裁英军和港英当局。
当时香港很快掀起了维护主权的风潮。香港的英国殖民主义者极为恐慌，立即召开专门会议，研究应急措施。多数人主张用高压手段对付香港的中国人。但总督宝灵则认为，这样做反而更激起民愤，同时，他知道西摩的英国舰队，在广州并未打胜仗，英军正遭到顽强的抵抗。前方不利，后方需要安定。于是宝灵采取了争取香港的华商，争取一些游离分子的政策，特地用中文出版一本《丙辰粤军公牍要略》的小册子，广为派发。该小册子，把战争责任完全推到当时的两广总督叶名琛头上，劝华人不要离开香港，继续安分维持业务。
当时香港已有很多华人离港，其中与清朝官吏有关系的商人，也都结束在港业务回乡。香港市面经常贴有告示，警告那些仍然出售粮食给英国人的中国商人，如果执迷不悟，仍不悔改，便将他们内地的祖屋烧毁，捉拿他们的亲人。港英政府也采取相应措施，对那些肯冒险留港为英国人服务的中国人加以保护。
当时有一个名叫张亚霖的商人，开了一间“裕盛办馆”，平时专办洋船粮食。在大多数商人为抵制英国对中国的侵略而歇业的时候，他却趁机大做生意，发国难财。不但贩运粮食入港，连全港英国人的伙食，他也全部包办下来，生意自然兴隆。
张亚霖曾被当时香港爱国同胞警告多次，他在广州的一间店铺已被烧毁，但他仍然坚持供应香港英国人粮食。
1857年1月15日早上，“裕盛办馆”的面包上市，将供应四百多户英国人的面包送到各个订户家中。英国人用过早餐之后，全部中了毒。香港历史上有名的毒面包案就此发生。
港督宝灵全家也中毒。他立即派员到张亚霖办馆检查，经过取样化验，发现裕盛办馆当天送出的面包里含有强浓度的砒霜，每4磅面包内约含有0。92％克的砒素。因为抢救及时，并无一人死亡。
案件发生后，香港警方立即抓人封铺，把制造面包的工人全部拘捕。张亚霖当天早上，即和家人一起乘早船去了澳门。
当时港督宝灵的太太因中毒陷于昏迷状态。他推断，这是张亚霖受了内地爱国人士的威迫才下此毒手，于是派战船到澳门把张亚霖乘坐的港澳渡船“皇后号”追回来，拘捕了张亚霖。据记载，张亚霖并非举家逃走，他是送父亲及妻子儿女去澳门。在船上，他的父亲、妻子、儿女都吃了自带的面包，也呕吐不止。他发现面包有问题，心想一定是反英分子设法在面粉里放了毒，因此，他要求“皇后”号的船主，立即驶回香港。
由于张亚霖的父亲和妻子儿女都吃了毒面包，证明他并不是有意下毒。15名面包工人，其中8人被控故意放毒。但张亚霖陈述说，他们都是好伙计，不可能下毒。张亚霖因为要包办英国人的伙食，已被中国政府通缉，8个伙计也是不能回内地的人。对于这一类效忠英国的人，如果判以罪刑，在当时的环境下，对香港英国当局是十分不利的，因为和中国的战争仍在进行中，所以，宝灵处理此案比较慎重。
为审理这一案件，港府组织了特别法庭，由总督宝灵授权警察总监和辅政司组成。负责为张亚霖辩护的律师必烈啫士，从法理上尽力替张亚霖辩护，而检察官为了缓和中毒英国人的愤怒情绪，只好说，毒案已经是事实，有关人等就是凶手，本着宁枉毋纵的宗旨，应判他们有罪。
审讯一连进行了3天，但因证据不足，陪审员终于以5∶1的多数票，宣布下毒的罪名不能成立。最后，港府为了保护奴才，宣判张亚霖等人无罪释放。但是，中毒的英国人非常不满，骂陪审员是糊涂虫，并且声称张亚霖一伙放出后，要用私刑将他们一律处死。宝灵为了缓和中毒英国人的情绪，一方面又命特别法庭将张亚霖等一伙收押监护，一面赶紧将毒面包案件发生详情，以及经过审理得不出证据的经过，向伦敦报告，请求处理办法。直至5月8日，英国殖民地部才对毒面包案作了批复，指出既然初审找不到主谋下毒及如何下毒的证据，可不必再审；应将全部有关人员驱逐出境。于是，港督宝灵签发了对8人递解出境令。张亚霖自由离境，他当时是被清政府通缉的人，如果递解回原籍，等于判他死刑，所以让他自由离境。张亚霖乘船去了越南。而必烈啫士于稍后升了官，被任命为辅政司。
据资料记载，这次中毒事件中，虽然当时并无一人死亡，但是许多人的健康受到了损害，精神上受到了惊吓。总督宝灵的夫人，在港治疗一段后，送回英国调养，健康从此未能恢复，显然是中毒促使她提前进了坟墓。
英伦借机生事
毒面包案究竟是有人下毒还是意外事故，一直是一桩悬案。据说，在此案发生之前，曾有一艘轮船运来一批面粉和一批砒石，两种货物都堆放在同一货舱里。当时货轮设备简陋，海上航行时间又长，遇到几次大风浪，船舱漏水，砒石受潮后渗入到面粉内。这批面粉运到香港后，全由裕盛办馆收买下来。毒面包就是用这批有毒的面粉制作的。若此事属实，就是一桩意外事故了。
香港的英国人对这起案件，有一种出于民族主义的成见，认为这一定是两广总督叶名琛买通杀手干的，若不是直接买通了张亚霖，就是买通了店中的伙计，甚或派出其他人员到店中下毒。因此，他们一方面指责宝灵处理案子不当，放走了犯人，一方面猛烈攻击叶名琛，指责他是毒案的幕后主谋，要求进兵广州，实行报复。
英国伦敦，在案件真相没有调查清楚的情况下，英国报纸大造舆论，煽动英国人的民族主义情绪。首相巴麦尊在议会上发表了激烈的专篇演讲，攻击中国人有意“毒杀可敬的英国商人”。英国政府的用心是想借此进一步煽起英国人民对中国人的仇恨，为扩大对华侵略战争制造舆论。其实，即使确定是中国人放了毒，也是由英国的侵略行径引起的，当时正是第二次鸦片战争刚刚开始，广东和