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晋军没有出动真正有力的劲旅，战事便拖了下去。但到了隆安四年（公元400年）十一月，孙恩与高雅之大战于余姚，高雅之大败，士卒十折八九。东南局势再度恶化，司马元显只好加封刘牢之都督会稽等五郡军事，请求他出兵对付孙恩。女婿让人欺负了，老丈人也不能不管啊，于是刘牢之终于出兵了。
孙恩一向畏刘牢之如虎，听到他要到来的消息便心生惧意，再加上已经登陆大半年，可能也抢掠积蓄了不少物资，便不与刘牢之交战，率领所部提前撤回舟山，基本没有损失。北府军兵不血刃，收复各郡县。
为了防备孙恩再来，刘牢之决定在沿海几个要点，筑城守备：一、刘牢之本人驻防上虞（今浙江上虞县）；二、命参军刘裕，驻防句章（在今浙江宁波市南鄞江南岸）；三、命吴国内史袁崧在沪渎（今上海市西旧青浦镇附近古吴淞江）筑城设防。
在这三个要点中，句章的守兵最少，不足千人，距离孙恩最近，与舟山群岛几乎是隔海相望，驻守此处实在是一个危险性很高的苦差事。但对刘裕来说，这却是他难得的机会，他终于能够指挥一支军队，独挡一面，充分展示自己的将才了。
刘裕一到句章上任，就显出了他的与众不同。当时，因为刘牢之放纵士卒暴掠，北府军在三吴诸郡的名声极差，不想这位刘参军的人马却军纪严明，所到之处秋毫无犯，当地百姓大喜。人在肚子饱胀时，满汉全席也没什么味道，快要渴死时，一杯自来水也会甘美无比，因此刘裕很快在久历兵灾的当地人中赢得了美名，也得到他们的积极配合，很快做好了迎击孙恩来犯的准备。
两个月后，即隆安五年（公元401年）二月一日，孙恩军在浃口第三次登陆，兵锋直取句章。原以为这么一个才几百兵镇守的小城，自然应该是手到擒来，谁知道这里的守将非常扎手。不但作战英勇，身先士卒，而且异常狡诈，诡计百出，孙恩数万大军的几次进攻全被打退，不能前进半步。这样糟糕的经历也让孙恩和他的属下们，第一次记住了刘裕这个名字。不过由于刘裕的兵力太少，孙恩军损失也不大。不久，刘牢之率军前来支援句章，孙恩不敢迎战，又连忙上船，逃回海岛。
孙恩的第三次登陆一无所获，他的部众迫切需要解决的补给问题依然严峻，因此仅仅过了一个月，孙恩大军倾尽全力，发动了最大规模的第四次登陆。这次再来，孙恩决定不再就近登陆，去碰句章那颗硬钉子，而挥师向北，在今杭州湾北岸的海盐（今浙江海盐）上岸。海盐，顾名思义，以“海滨广斥，盐田相望”而得名，制盐业在古代是一直油水极大的行业，所以这里还是很值得一抢的。
不料驻守句章的刘裕情报工作干得也不错，事先探得消息，当机立断，率句章守军星夜北上，赶在孙恩军到达之前，抢先进驻海盐。孙恩刚到不明情况，以为海盐无备，没做什么准备便直接攻城。此时刘裕的兵力不满一千，虽然海盐县令鲍陋临时征召了民兵约千人，但与孙恩的十几万人相比，兵力仍十分悬殊，而且那些新召民兵是没多少战斗力的，情况不容乐观。
不过刘裕既然敢来，就不会被困难吓住。他组织数百名敢死队，由自己亲自带队，全都手持短兵，脱去甲胄（可能是为了行动迅捷，同时不易发出声响），潜伏在城门处，而城上只布置了稀稀落落几个人。孙恩军不知刘裕已到，见此情景，以为不会遇上像样的抵抗，便放心前进，正在他们的松懈当口，刘裕突然打开城门迎头痛击，击败孙恩军，斩其部将姚盛。
初战告负，损兵折将，让孙恩怒不可扼。从他打败谢琰和高雅之来看，孙恩也是有一定将才的，老被这样弱小的敌人欺负，面子也挂不住啊！于是，孙天师下令猛攻海盐，刘裕率部坚守，苦战数天，虽然连续打退孙恩军的进攻，但城内守军也感到压力越来越大，毕竟双方兵力太不对等了。
刘裕决定再出一次老千。数日后的一个清晨，早起准备接着攻城的孙恩部众发现今天的海盐城有点儿异样：城门竟然是开着的，原先飘扬的旗帜不见了踪影，平时戒备严密的城头上只有几个老头在当门卫。这种唾手可得的样子让孙恩的人有点疑惑，便向城头上那几个老头打听：“刘裕到哪儿去了？”
城头上的老头回答：“因为大军攻城太急，他兵少难以抵挡，所以昨天夜里偷偷开城逃走了。”孙恩的人大喜，总算把讨厌的刘裕打跑了，于是争相入城。倒霉的孙恩部众又没想到，刘裕早已经将海盐城内的街道小巷打造成了一个大陷阱，等他们入城，兵力被街道分割，丧失了有效指挥，而且又没有防备之时，刘裕突然率埋伏的精兵杀出，大败孙恩军，将他们再次赶出了海盐城！
又吃了一次败仗之后的孙恩服了，也清醒了，论打仗他怎么也玩不过刘裕，但他现在兵力雄厚，而刘裕兵少，暂时也不能给他致命打击。海盐打不下来，我可以去其他地方试试啊，大军岂能老耗在这儿等死？这么大的柿子林，就不信捏不到软柿子！于是，孙恩放弃攻打海盐，挥军北上，进攻沪渎。
嗣之争功
发现孙恩军将北攻沪渎之后，刘裕也放弃海盐，尾随追击。海盐县令鲍陋感激刘裕的救助之恩，特地派儿子鲍嗣之率一千民兵前来助战。但好心也会办坏事，事坏就坏在这一千援兵的主将鲍嗣之身上。
鲍嗣之是头不怕虎的初生牛犊，这几天参与刘裕指挥的海盐保卫战，见这位刘参军连连取胜，赢得好象很轻松，门道是一点儿没看出来，反而自觉恍然大悟：打仗原来这么容易啊！年轻人气盛，这回一见到刘裕就提出：自己要当先锋！
刘裕劝告他说：“孙恩的人打了这几年的仗，已经有很丰富的作战经验，不是好对付的。而吴地的民兵没见过真正的大战，不是他们的对手。而且先锋如果失利，会导致全军战败，所以你的人最好还是担任殿后，做我军的声援。”但鲍嗣之不干：我要当先锋，就要当先锋！难道你害怕我立功，或是分了战利品？
刘裕和刘牢之不同，比较重视“人和”，为了和当地人搞好关系，只好勉强同意了。为了不让鲍嗣之误事，刘裕也预作准备，在预设战场准备大量旗鼓，布下了多处埋伏，不过因为兵少，每处埋伏不过几人而已。第二天，交战开始，孙恩派一万人回击追兵，很快便与鲍嗣之的民兵交上了火，刘裕看准时机，布下的埋伏同时发动。于是，四面出现晋军的战旗，同时鼓声震天，以为中伏的孙恩军大惊，慌忙后撤。鲍嗣之莫名其妙地得胜，更加坚定了自己的判断：刘参军果然是忽悠人的，孙恩的军队明明很好对付嘛！扬名立功的机会可不能放过，追！
真是不怕龙一样的对手，就怕猪一样的队友。鲍公子的追击命令下达的是如此之快，以至于在后面的刘裕都来不及把他拦下。他率领的海盐民兵一冲出刘裕的设伏地域，立即把自己兵力微弱的真相暴露无遗。回过神来的孙恩军杀了一个回马枪，鲍嗣之和他的一千兵立即全军覆没，鲍公子阵亡了！不仅如此，败势还牵动了后面的刘裕军。刘裕不得不且战且退，部众损失不小，孙恩的大军步步进逼，眼看刘裕也难逃全军覆没的败运了。
危机关头，刘裕的战术天才和极嘉的心理素质再次展现了出来。退到最初交战的地点时，刘裕命部众停下来，收集战死者身上的衣甲兵器，这些都是要钱买的，可别浪费了！看上去非常从容不迫。本已稳占上风的孙恩军队又怔住了，竟不敢进逼。这段时间以来，他们吃刘裕的亏，上刘裕的当，次数已经太多了，因此每见到他有什么不寻常的举动，都会在心里犯嘀咕，该不会又有什么诡计吧？
稍过片刻，刘裕突然大吼一声，挥军反攻。已经得了“恐刘症”的孙恩军士大惊，以为又中计了，慌忙撤退。刘裕当然不敢紧追，等孙恩军撤远，刘裕才率余部撤回海盐。此役因鲍嗣之误事，刘裕先胜后败，只是他临危不乱，处置得当，才避免了全败的恶果，但也一时无力再去支援沪渎了。
孙天师的选择果然是明智的，避开了刘裕的纠缠之后，孙恩军的战局大为改观。五月，孙恩攻克沪渎，大败晋军，斩守将吴国内史袁崧和属下晋军四千余人，一扫与刘裕作战以来的晦气，取得自余姚之战后的又一次大捷。乘着军威大振，孙恩于隆安五年（公元401年）六月一日乘胜率水陆大军攻入长江，逆流而上，兵锋所向，直指国都建康！此时他的部众号称有十余万人，乘坐在千余艘战船之上，浩浩荡荡，势不可挡。建康城里的大晋朝廷大为震动。
六月二日，京城建康及周边地区全部戒严，所有文武官员取消休假，在各自的衙门通宵值班。司马元显的急令一道道发出，显得手忙脚乱：一、冠军将军高素驻防石头城（建康城西北长江边）；二、辅国将军刘袭用木栅切断淮口（建康城西秦淮河入长江口），防止孙恩军战船突入秦淮河；三、丹阳尹（就是建康市长，当时建康属于丹阳郡）司马恢之在长江南岸、建康之北布防；四、桓冲的儿子，前吴国内史桓谦驻防白石（在今南京城西）；五、左卫将军王瑕等保卫皇宫；六、急调豫州刺史司马尚之从历阳调兵入卫京城；七、调远在会稽的刘牢之入援，北上阻截孙恩军西进之师。
在这一堆防御措施中，最有份量的内容当然是调刘牢之北上，但此时刘牢之所率的北府军主力尚远在山阴（会稽郡治所，今浙江绍兴），缓不济急（油水不多时，刘牢之真是磨佯工啊！海盐的恶战，沪渎被攻克，已发生这么多事，他居然还一直呆在会稽无动于衷。），