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在嗣君于正月初九接位以前，先颁遗诏；而公开的遗诏已不尽是大行皇帝的“末命”——满洲的从龙之臣，不满皇帝生前的作为，在取得孝庄太后的同意后，趁死无对证的机会，假借皇帝之口，完成若干制度上的改革，所以这道遗诏，“罪己”的意味特重。一开头就说：
朕以凉德，承嗣丕基，十八年于首矣！自亲政以来，纪纲法度，用人行政，不能仰法太祖太宗谨烈，因循悠忽，苟且目前，且渐习汉俗，于淳朴旧制，日有更张，以致国治未臻，民生未遂，是朕之罪一也。
开宗明义就已表明，要纠正顺治朝汉化的倾向；当然这也就是表示满洲人将掌握更多的权力。所以接下来就特别提到疏远亲贵，重用汉人之非。
宗室诸王贝勒等，皆系大祖太宗子孙，为国藩翰，理宜优遇，以示展亲。朕于诸王贝勒等，晋接既疏，恩惠复鲜，以致情谊睽隔，友爱之道未周，是朕之罪一也。
满洲诸臣，或历世竭忠，或略年效力，宜加倚托，尽厥猷为，朕不能信任，有才莫展。且明李失国，多由偏用文臣，朕不以为戒，而委任汉官，即部院印信，间亦令汉官掌管，以致满里无心任事，精力懈弛，是朕之罪一也。
另有一款，则不但满人，汉人亦认为异常明智，那就是废除“内十三衙门”。明朝以太监为家奴，而满洲则以掳掠而得的汉人为家奴，称为“包衣”；上三旗的包衣，为天子私人的奴仆，掌管了宫内的一切庶务，但自“内十三衙门”一出现，上三旗包衣就失势了。
“内十三衙门”仿照明朝宦官“四司六局”的编制，由太监主持。所以设立“内十三衙门”，就明显地表示出来，明朝留下来的太监，复得当权：“上三旗包衣”自然很不服气。只是大行皇帝乐于亲近汉人，性耽翰墨，而明朝宫内设“内书堂”教太监读书，在“司礼监”办事的太监，代批章奏，更非知书识字不可；其中出类拔萃，经史娴熟的颇不在少，久而久之皇帝便远包衣而亲太监了。特别是宠任吴良辅这么一个太监，内十三衙门就是吴良辅勾结一个在宫内办事，颇见信任的满洲人佟义所创设的。
大行皇帝驾崩，上三旗包衣，自然要趁此机会翻案，在遗诏中便有这样一款：
祖宗创业，未尝任用中官；且明朝亡国，亦因妄用宦寺，朕明知其弊，不以为戒，设立内十三衙门，妄用任使，与明无异。以致营私舞弊，更逾往时，是朕之罪一也。
明朝亡于宦官，已成定评，因此大行皇帝以此一罪自责，臣民无不额手称庆。
遗诏的最后一款，便是指定八岁的皇三子玄烨，继承皇位；并指定“内大臣”索危、苏哈萨克、遏必隆为“辅臣”，也就是所谓“顾命大臣”。
在四辅臣主持之下，嗣君接位，定年号为“康熙”。接位后的第二个月，裁撤“内十三衙门”，恢复内务府，由上三旗包衣主持，接收了前明属于宦官的一切职掌。其中供应皇家绸缎的衙门称为“织造”，分设江宁、苏州、杭州三地。苏州的织造，放了一个正白族的包衣，名叫曹玺；他的妻子是八岁的小皇帝的保姆，有个儿子名叫曹寅，随着他母亲一起进宫，是小皇帝的最好游伴。
哀诏颁到睢州，在县衙门大堂开读；汤斌以卸任官员的身分，也到场伏地听宣。一面听，一面想起在出任潼关道的时候，曾奉朱笔亲加的考语：“品行清端，才猷赡裕”，不由得起了知遇之感，流泪不止。
然而也因为这道哀诏，汤斌绝了复出之心，觉得满人的权力更见扩张，汉人仰承鼻息，不堪忍受。同时他也有件大事需要经纪，那就是重建他母亲的“节烈祠”。
赵太夫人诰封为“赵恭人”。在顺治五年，由河南提学使檄令睢知州，在汤家故居的东面，兴建“赵恭人节烈祠”。汤斌只要在家，每年都要敬谨祭祀。到他辞官回里，正好巡按河南御史，表扬节烈忠义，将赵太夫人殉难的事迹，奉报朝廷；奉到旌表，题汤家的门楣为“节烈之门”。睢州知州戴斌因为旧祠湫隘，特地改建新祠；汤斌亲自监工，其时正是流火烁金的盛暑，汤斌每天衣冠整齐地站在烈日下看工匠操作，整天不休。这分孝心和惨重将事的精神，感动了工匠，所以这座新祠，建筑得格外坚固。
到了奉主人词那一天，地方官员，一起都来行礼。然而死者的哀荣，无补于生者的思慕，汤斌想起母亲的慈爱，殉难的惨烈，放声大哭，昏倒在地；大热天又中了暑，因此生了一场大病。
病起对他的父亲是越发孝顺了，因为对慈母的哀念，并诸于严父的膝下，他要尽双倍的孝思。而他父亲便血的宿疾，越来越严重；汤斌便开始学医，穷研药性，可是他父亲还是去世了。
这在汤斌是个无与伦比的严重打击，朝夕流涕，哀毁骨立。葬了父亲，在坟上种了五百株树；每隔数天，便要去省视一遍，倘或枯死一株，便会掉泪，接着是补植一株。在他看，仿佛那五百株树，就是他父亲的精魂凭依之处。
在守制的日子中，他视继母轩大夫人如生母，家事大小，都要请命而行；轩太夫人慈爱而谦虚，称他“大少爷”。对这位大少爷，她事事满意；唯一的例外是，大少爷似乎绝了仕宦之想，读书人不肯做官，在她觉得是一件不可解的憾事。
汤斌对这一层也感到疚歉和为难——难的是有些道理，解释不清楚；他在南安的一年，曾痛自反省，认为自己虽以王阳明为法，但处事或嫌操切，或用权术，或者是碰运气，口中说得极有把握，其实内心不免彷徨，不能像王阳明那样，达到“圣贤亦不过如此”的境界而能够心安理得，无时不保持着一股“浩然之气”。这些毛病的根源，还在学养不足；所以他不愿做官，只顾读书。果然到了有把握的那一天，再为国为民做一番事业，也还不晚。
这些道理对足迹不出里门，识字也不多的继母，如何讲得明白？无可奈何，只好编一套说词。
“娘！”他说，“不是我不愿意做官。官场风波甚险，我又不会弄钱；接娘到仟上，没得享福，倒替我担惊受怕，儿子的心里怎能得安？倒不如在家粗茶淡饭，至少也让娘过几天清闲日子。倒不是好？”
“好倒是好！只是总说望子成龙，荣宗耀祖，你怕我替你担惊受怕，我就不跟你到任上去。”
“难道，”汤斌笑道：“娘在家就不会替我担心了？”
轩太夫人语塞，想了想说道：“官你还是要做的。你不做官，就少了一个好官，不可只为自己打算。既然你处处为我着想，将来等我跟了你爹走了，你可不要忘记我今天的话！”
这几句话，说得汤斌肃然动容，“不可只为自己打算”，这话是何等襟怀！他站起身来答道：“娘教训得是！等儿子自觉出去做官，凡是艰难险阻，都有把握应付了，儿子一定听娘的话，做个荣宗耀祖的好官。”
有了复出的打算，汤斌课子越勤；因为只有儿子有了自立的基础，他才可以脱然无累，一心奉职，“我不是望你们早贵；少年要吃苦，苦则志定，将来不会失足。”他总是这样对儿子说：“你们将来长成后，我未必还能教你们。所以我现在教你们的教法，跟别人不一样。”
平常人家教子弟，最重“开笔做文章”，这文章不是什么“班马文章”，是号为“代圣人立言”，而实际上“天地者宇宙之乾坤”之类的陈腔滥调八股文，学会了这样的文章，才可以进学、中举早早发达。
而汤斌不是，他课他的十四五岁的长子汤溥，十岁左右的次子汤浚，先读四书，以为立身之本，然后读《尚书》，让他们知道古代的典诰制度。读完这几部书，为学的基础，已经扎得很结实，然后才讲做文章，由他亲选的一百篇“起八代之衰”的韩愈的古文开始，再读《史记》、《汉书》，及于先秦诸子。到最后才学“举子业”，也就是八股文。
但是课子越严，汤斌越觉得在性理之学上的功夫还不够；因此在康熙五年，他父丧服满的四十岁那年，赁了一匹驴子，直上到河南药门山的夏峰，从孙奇逢受业。
孙奇逢字启泰，直隶容城人。生来有快气，而内心谨饬笃行，以圣贤自期。前明天启年间游京师，与“东林”君子左光斗、魏大中、周顺昌等定交；其时正是魏忠贤与熹宗的乳母“奉圣夫人”客氏，秽乱宫闱、无恶不作的时代，魏忠贤的爪牙，包括冯铨在内，被称为“阉党”，专与东林作对。由于天启四年，左副都御史杨涟，参劾魏忠贤二十四大罪，因而兴起大狱，杨涟、左光斗、魏大中等人惨死狱中，而阉党诬以受贿，向家属追赃，孙奇逢与鹿正、张、果中代为募捐赎罪；对东林死难者的家属多方调护，一时侠名震动河北，有“范阳三烈士”之称。
孙奇逢自明末至清初，曾被征召十一次之多，而他不愿做官，只愿做事，屡次号召地方有志之士，保卫桑梓。后来为避流寇，迁住易州五峰山，亲戚故旧门生，相从的有数百家之多；守望相助，力求自保，同时日日讲学，又不尚空谈，注重力行，因此到了清初，称为“北孙南黄”，与余姚黄宗羲，并为海内儒宗。又与关中的李二曲，合称“海内三大儒”。
孙奇逢的为学，本于陆九渊、王阳明，而兼采程朱，从慎独上着手，在体认天理上下功夫、穷则励行，出则经世，真正能做到坦诚悱恻，言行一致。这些理论与实际，一向为汤斌所钦佩，所以趁壮年之时，不肯废学，特地到药门山中去亲承教诲。
药门山在河南辉县西北——这已是孙奇逢的三迁，由五峰山迁居新安县，由新安县迁居药门山，其时为顺治七年。两年以后，有个做工部郎中的马光裕，以药门山�