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按照原先的商定，戴笠为“中美特种技术合作所”主任，梅乐斯为副主任。
一九四三年四月十五日，在重庆缫丝厂军统局乡下办事处大礼堂，中美之间举行了签字仪式。美国方面除梅乐斯外还有美国海军部部长等人，罗斯福总统也派来了美国生活杂志老板鲁斯作为他的私人代表。中国方面原定由外交部长宋子文和戴笠共同主持签定仪式，后因宋子文临时有要事不能出席，改派外交部常务次长胡世泽参加，这无意中形成了中美两国参加人员在规格上的不平等。宋子文当时是否真的有要事没人能知道，但他确是在接了蒋介石的电话后才临时缺席的。不管怎样，从中可以看出蒋介石对这次中美间的合作确实有着复杂而又微妙的心理。其实，按原来戴笠和梅乐斯的意思，为了保密起见，彼此之间秘密合作就行了，无须正式签定什么合同。因为所有合同的内容，早在梅乐斯考察东南沿海期间及他返回重庆的那几个月的时间里，就已经确定下来并已付诸实施。
那么为何还要搞个合同签订仪式呢？
原来，当时梅乐斯到东南沿海考察时美国驻中国大使馆曾派人陪同，这人叫鲁赛。鲁赛不但是美国驻中国大使馆的工作人员，也是美国战略情报局局长杜诺万的耳目。他随梅乐斯东南之行期间，不仅对梅乐斯与戴笠秘密达成的协议一清二楚，而且对戴笠在中国的地位和实力也有了相当的了解。回重庆后，鲁赛立即将自己了解到的情况向杜诺万写了详细的报告。杜诺万原为美国军方情报协调处处长，珍珠港事件后该处改组为美国战略情报局，杜诺万自然也就成了局长。此人不仅野心极大，而且有严重的妄自尊大的“白人至上”的种族偏见。他得到鲁赛的报告后，便一心想把美国海军部与中国军统局组成的中美合作所，置于战略情报局的领导之下。杜诺万采取的第一步骤就是要说服海军部，同意让梅乐斯兼任战略情报局驻远东的代表，企图借梅乐斯之手，达到由战略情报局控制“中美特种技术研究所”的目的。杜诺万采取的第二步则是要美国陆军方面直接与梅乐斯交涉，由陆军派教官来华协助军统局训练游击队。与此同时，杜诺万还乘美国副总统访华之际，派进一些美国特务，企图在中国西北地区另建据点，而且还私拟了一份“神龙计划”想与戴笠合作……然而，由于戴笠和梅乐斯有协定在先，成立“中美特种技术研究所”的目的是配合美国海军对日作战，为日后美国海军在中国东南沿海登陆做准备。所以，杜诺万所有的计划都分别被美国海军部、梅乐斯和戴笠否定了。
杜诺万仍不死心，他利用美国海军部与陆军部多年来存在的矛盾大做文章。他一方面怂恿美国陆军参谋长马歇尔及陆军中印缅战区司令史迪威，让他们出面要把“中美特种技术研究所”的美方人员划归中印缅战区司令部管辖。另一方面，杜诺万在美国军界大肆宣扬说中美合作的业务控制权由中国人掌握不是明智之举，言外之意就是应该由美国人领导一切。杜诺万的举动无疑对戴笠和梅乐斯已经开始的合作是一种干扰，为了避免再次受到杜诺万的干扰戴笠和梅乐斯决定正式起草一份合作协定，交由中美双方的首脑签署。可是按照美国的法律，凡由总统签署的涉及外国政府的文件，均需参议院先同意。此事在美国海军部长这里当然没有异议，可是到了马歇尔那里问题来了。他不但迟迟不肯签字，而且电告史迪威说：“由于战略情报局的工作遍及世界各地，分别隶属各战区司令官之下，因此联合参谋本部考虑，中美合作协定内容应为，梅乐斯及其率领的美方人员归属阁下系统，戴将军所率的中方人员归蒋委员长节制。”在马歇尔看来，同意戴笠及中方人员归蒋介石节制，就已经够宽宏大量的了。而史迪威，又是个最藐视国民党的人。因为他曾在中国待过好长一段时间，所以懂中文，会讲中国话，被美国人称为“中国通的中国通”。也许正是史迪威对中国了解的太多了，他始终看不起蒋介石所领导的中国军队中的高级将领。珍珠港事件后，史迪威作为美国总统的代表来到中国。此时，他还兼任驻华美军司令官、中国战区总司令和蒋介石的参谋长。史迪威到中国后，就向蒋介石提出正在缅甸作战的中国远征军要由他全权指挥。蒋介石对史迪威的傲慢无礼非常生气，但又急欲借美国人的军事和物质力量来打败日本军队，所以表面上同意他提出的要求，暗地里却坐在重庆遥控着中国远征军。为此事，史迪威气得大骂蒋介石是个“微不足道的小人”。
不过，史迪威收到马歇尔的电文后并没有意气用事，他觉得如果美国通过中美合作完成有利于美国利益的任务的话，让戴笠为主任控制业务管理上的权利不见得是坏事。因为，史迪威也清楚在中国的许多事情上如果得不到戴笠的首肯，就很难行得通。惟有让史迪威不赞成的是，梅乐斯帮助戴笠训练特务武装，进行游击战争。恰逢此时，史迪威指挥的部队在缅甸战场被日本军队击败，致使整个缅甸失陷。这时，美国国内有篇评论文章说：“……日本在缅甸的战斗部队不过四、五万人，所以缅甸失陷不过是使日本可以多调动五万人以内的部队来对中国作战。但是整个中国失陷了，则将有一百万以上的日军可以抽调出来，进攻西伯利亚、阿拉斯加、夏威夷乃至美国的太平洋海岸。五月间，仅在中国金华一地集结的日军，就多于缅甸战场的日军人数的两倍……”为此，梅乐斯就拿着这篇评论去找史迪威，向他说明在中国东南沿海训练特务武装并进行游击战的重要性。史迪威听后无话可说，尽管心里仍然不满意梅乐斯和戴笠间的合作，但他已提不出反对的理由。于是，史迪威给马歇尔发去电报说：“如果按将军所言‘分而自之’的话，我们将无法获得戴笠将军的合作。戴笠是个极端保守和极端多疑的人，他决不会允许自己与梅乐斯之间再有个第三者……”马歇尔对史迪威一向信任，既然史迪威不同意“分而自之”，他也不再坚持。但马歇尔仍旧坚持把中美合作中的美方人员及梅乐斯，作为史迪威管辖下的一个海军组。不过，该海军组在中美合作中无须受史迪威和美国战略情报局的领导。这样，戴笠和梅乐斯拟定的合作协定很快得到了美国总统罗斯福的批准，也就有了中美之间在重庆签订合作协议的仪式。
但是，美国内部的争斗并没有结束。
缅甸战役失败后，史迪威与蒋介石在对日作战、美国援华物资的分配和国共合作等方面，都产生了激烈的矛盾。在蒋介石的施压下，罗斯福总统只得召回史迪威，其位置由魏德迈将军继任。魏德迈到中国后，对美国海军部与中国军统局的合作仍然成见很深。他对“中美特种技术合作所”的主任一职由中国人担任很不满，并坚持“中美特种技术合作所”必须受他的指挥。当这要求遭到了梅乐斯和戴笠的反对后，魏德迈以辞职相威胁。美国参谋本部在协调无用的情况下，只得发布命令：在“中美特种技术合作所”工作的美军人员，自梅乐斯以下均接受魏德迈指挥。对这样的命令梅乐斯表面上是无法抗拒的，但实际上仍然是我行我素，根本就没有把魏德迈放在眼里。魏德迈对此毫不犹豫地用釜底抽薪的办法进行报复，即严密控制空中航线，使美国海军每月提供给“中美特种技术合作所”的一百五十多吨物资，连半数都到不了中国。美国海军无奈之下只好自己组织飞机和车辆，为“中美特种技术合作所”运输物资。但这也被魏德迈坚决地阻拦了。美国海军部愤怒之下，表示要用军舰先把给“中美特种技术合作所”的物资运到印度，再经雷多公路运往重庆。但要真正做到，实在不是件易事。美国海军部原准备调往“中美特种技术合作所”的工作人员为三千多人，因为得不到魏德迈的支持，有两千人左右滞留在印度，不能飞越驼峰。直到抗战结束，又由印度返回了美国。为了能得到美国陆军和空军的支持，美国海军部要梅乐斯整理了与中国军统局的合作成果，准备在国内外的报纸上发表，结果遭到了美国国内主持军方新闻发布机构的反对。梅乐斯知道此事后气得发抖，准备在重庆举行一次新闻记者招待会，揭露魏德迈和美国战略情报局在“中美特种技术合作所”上所做的不道德行为。此事，被美国战略情报局的特工人员察觉，美国政府担心梅乐斯如此下去会损害美国利益和形象，就以梅乐斯神经错乱为由，派人把他押回了国内。
戴笠在这场美国内部竞相争夺与军统的角逐中，本来完全可以保持沉默，因为不管美国方面的结果如何，最后得利的还是他戴笠。但由于戴笠与梅乐斯事先已有了较好的私人关系，并有通过美国海军支持他出任中国海军的默契，所以不论在公开还是私下场合都站在美国海军一边。据说，当时美国战略情报局杜诺万为了争得与军统局的合作，来中国找过戴笠。在酒会上，杜诺万离座举杯与戴笠走到一旁交锋了起来。杜诺万对戴笠说：“如果你在与美国海军部的合作中，阻碍了美国战略情报局特工人员在中国搜集情报，那么战略情报局将单独行动。”戴笠听后微微一笑说：“你一定要这样做的话，那我会杀死你们所有的人。�