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17 世纪40 年代，从菲律宾入福建传教的多明我会修士和圣方济各会教士将礼仪问题上呈罗马教廷仲裁。他们原先在文化相对落后的墨西路及菲律宾传教，由于当地并无强有力的统治力最取阻止教士的渗透，因而这些教士的传教方式与来华耶稣会会士大不相同。他们来华后一反耶稣会会士的成功做法，以下层民众为突破口，走街串巷进行传教活动。1710 年中国共有59 名耶稣会士，29 名圣方济各会教士，18 名多明我会修士，15 名主要来自法国海外传教团的世俗传教士以及6 名奥古斯丁修会会员。单是耶稣会在中国就有70 处传教驻地和208 所教堂。当时天主教共有30 万教士，但罗马教廷内部争权夺位十分严重。“礼仪之争”延续了一个多世纪（约1640年至1742 年），不仅教会内部意见相左，欧洲与在华教士互相辩驳，最终连教皇与满清皇帝也发生了争执。
同时，儒家学者对基督教也心怀敌意，他们对基督教教义中的原罪说、处女受胎说及耶稣的神性等问题都抱着一种理性的怀疑态度，对本国文化中的儒、佛、道三教则采取了一种保护的姿态，对风传的传教士和教徒乱交，拐卖儿童、挖取死人心和死人眼的做法亦深恶痛绝。其中的代表人物为杨光先（1597 一1669 年），其人排斥基督教不遗余力，如摘出耶稣会会士记述汉人为希伯莱人之后的文章来挑拨民族感情，还指控南怀仁用符咒镇魔先帝顺治云云。这使得迷信萨满教的清廷大为震动，拟将南怀仁处决，幸而此时发生了地震，清廷认为是天象示警，南怀仁才逃过一死。不过在此之前已有5 名基督徒历官被处决了，而且因为基督教徒们的礼拜仪式大似秘密会社的集会，所以基督教仍旧受到官方的怀疑。
入华耶稣会会士在欧洲也受到了打击。1700 年巴黎会议之后，在京的耶稣会会士为了自卫，请康熙下了一道支持中国传统礼仪的圣旨，这无异于火上浇油，因为在西方基督教世界看来，康熙无异于越姐代疤代替教皇裁断神学问题。分别代表葡萄牙、法国和不同教派利益的基督教教士们此时则开始破坏耶稣会会士好不容易才在北京取得的成果。在中国皇帝与教皇的争论中，耶稣会会士大多站在中国皇帝的一方。康熙曾派耶稣会会士赴罗马将其69 道圣旨宣示教宗，结果却导致罗马于1715年颁布了否定耶稣会做法的教皇谕旨。
入华耶稣会会士的归化政策在100 多年中得到了满清朝廷的接受，终康熙一朝，他们都被视为有用并且可以信赖的人才。此时颁布的教皇谕旨否定了耶稣会会士的做法，这就让人感到难以接受。康照曾派一名耶稣会会士绕道俄罗斯赴罗马交涉，但教皇做出的惟一反应却是更为严厉的拒绝。1722 年之后，雍正帝开始驱逐日渐卷人宫廷斗争的耶稣会会士，并大力镇压在华教士的传教活动。许多教堂被充公，除了北京之外的各地教士不得不转人秘密活动。1724 年雍正在《 圣祖圣谕》 中加了一条批注，指责基督教为“异端小教”。1742 年罗马颁布的另一份教皇谕旨为此后200年（直到1938 年）的礼仪之争奠定了基调，要求人华教士必须严格宣誓拒绝“中国的礼仪”。乾隆执政时期，京师之外的传教士一直受到官方的打击迫害。他们不得不改装换面，远走穷乡僻壤。教友聚会受到了限制，而对基督教的敌视思想亦开始深入民心。
早期中俄关系
中国与欧洲的海上往来以及在京耶稣会会士发往欧洲的信件，往往使西方人忽略了中俄通过西伯利亚进行的陆上交往。当然，在这条路线上俄国人面临着更大的后勤问题。欧洲人能用船将整支自给的机动部队开到马六甲或广东而并无沿途出入异国国境之累。海上调兵遣将往往也比较便利，而葡萄牙人、荷兰人和英国人乘坐的帆船也能比驼队运载更多的货物。
俄国人在西伯利亚地区逐步进行殖民扩张，进程缓慢但获得了相对持久的成果。俄国人于1637 年就扩张到了太平洋西岸，几乎与英国人发现美洲新英格兰地区同时，此后在向东亚地区进行渗透时却落在了从海路而来的西欧人之后。如果说英国人的舰队像一阵威力巨大但难以持久的台风攫取了东亚，那么俄国人则像一条冰川在此进行缓慢的殖民渗透。今天美国人与远东的海上交往也继承了西欧的传统。俄国的做法与西方的做法是迥然不同的。
俄国人于1580 年左右开始从奥伯河（Ob River）流域北上，在几条汇入北冰洋的大河沿岸地区进行扩张。那里的气候和地形都极其恶劣，人烟稀少。莫斯科派到此地的官员都是腐朽的寄生虫，他们设立由释道相连的边防站，向当地人民征收动物毛皮。由于粮食供应缺乏保障，俄国的探险家们开始寻找一块产粮区，于是很自然地来到阿穆尔河一带，从这里他们通过驱船或雪撬可到达较为富饶的土地，而＿且从这里也可以人海。1643 年以后，雅库茨克的哥萨克部队开始沿阿穆尔河一带与当地部族交战井建立起军事据点。其他几路哥萨克远征部队则经贝加尔湖南下叶尼赛斯克（即雅克萨，Yeni … seisk ） ，于1656 年在阿穆尔河主要支流上的涅尔青斯克（旧译尼布楚，Nerchinsk ）建立了据点，后又于1665 年在阿尔巴金（Albazin ）以东修建了永久性的哨所和碉堡。
俄国人在阿穆尔河修筑哨所与清朝发生了冲突，满洲北部各族纷纷向京师告急求援。不过，清朝在与俄国的对峙中起初并不占据优势，清朝直到1681 年才真正完全统一了中国，但此时又发生了准噶尔部的叛乱，而西蒙古诸部与西伯利亚地区的俄国人已有接触往来，东蒙古诸部也在涅尔青斯克与俄人进行贸易活动。因此，康熙皇帝的目标不仅仅是要把俄国人驱逐出阿穆尔河流域，而且还要防止他们与蒙古人的进一步勾结。中俄双方的非正式外交关系早在1619 年就已形成。1654 俄国沙皇遣使致信清朝皇帝，目的是在否认中国为宗主国的条件下发展两国贸易。俄使拒绝向清帝磕头，而负责接待的官员又对贸易不感兴趣，俄使坚持按欧洲各国平等交往的惯例行事更触动了“天朝上国”的意识形态基础，于是未得数见便被遣返出境了，当时来华的另一名俄使即为颇富传奇色彩的N 。 G ．斯巴塔一麦莱斯库，其人出身于希腊一知识分子家庭，曾在康斯坦丁堡接受教育，后广泛游历欧洲各地。他于1676 年到达北京，首次带来用拉丁文写的国书，并请耶稣会会士为他做翻译。他在接受清帝赏赐给沙皇的礼物时拒绝下跪，因此也同样遭到遣返出境的命运。
康熙于17世纪80 年代早期巩固了国内统治之后，开始有条不紊地从满洲南部向阿穆尔河流域修筑水陆骤道、哨所、粮库和屯垦驻军，并且建立了一支水军在满洲进行操练。清兵很快就将俄国人赶出了阿穆尔河下游一带。清兵以优势兵力围攻俄军在阿尔巴金的最后一个据点，在这种情况下俄皇决定与清朝进行谈判，并派遣了一名大使赶到涅尔青斯克。这正是谈判的好时机，因为此时清朝正需对付西蒙古各部的内患。仿效斯巴塔一麦尔斯库的先例，康熙指定2 名耶稣会会士担任翻译兼顾问，派他们与俄国人进行谈判。耶稣会会士穿梭往来于双方大营之间，经过无数次的反复和讨价还价之后终于达成了协议，并由耶稣会会士用拉丁文誊写一份条约，另以满文、汉文、蒙文和俄文各写一份以存照备考。这是一份平等条约，它将俄国的势力限制在阿穆尔河以北，但允许俄国在此建立稳固的基地并通过商队与北京进行贸易活动。俄国人亦同意拆除阿尔巴金的军事设置并撤出阿穆尔河流域。条约划定了满洲北部的界线，但对蒙古与西伯利亚之间的界线则语焉不详。通过签订《 尼布楚条约》 ，康熙阻止了俄国向东蒙古各部进行援助。在此之后的10 年中，他最终击溃了葛尔丹并巩固了他在西蒙古的统治。此时俄国的商队亦经乌兰巴托从蒙古源源来到北京。这些商队都持有官方护照，随行的使节介于官商之间，统一接受理藩院的管理，与朝贡儿无二致。使团人数通常限定在2000人以下，入华需凭一套编号的符信行事。在北京他们与贡使一样下榻于俄罗斯会馆，四周有卫兵把守，使臣靴见皇帝时照样得叩头如仪。
在当时清朝为控制亚洲腹地而采取的战略中，中俄关系一直古据着重要的地位。彼得大帝在位时逐步向西进行扩张，与准噶尔部不断进行战争、贸易和谈判。俄国人希望能摆脱耶稣会会士而直接与北京建立永久性的商业和外交关系。结果，一支俄国东正教传教团以解决在京俄国人的精神需要为借口进入了中国，17 世纪60 年代俄国政府即以此为口实不断随商队向中国派遣传教团。雍正帝为了限制耶稣会在中国的影响，于1722 年后对俄国东正教的传教团表示了欢迎。另外他还希望阻止俄罗斯与准噶尔�