政府成立了教育部来监督这些新式学堂。
师法日本的新式学校体制要求在中学以上的学校里通过专业化教学为政府机构提供专门人员。以日本的学制改革为榜样，1904年制定并颁行的大量细则规定了学生的就学程序，从4 年制的小学开始，经过5 年的中学（初中）； 3 年的高等学堂（毕业生可得举人资格）； 一直到太学，即京师大学堂（毕业生经过3 年的学习，可得进士资格）。京师大学堂是在1898 年由美国人丁题良创建，他在此之前的1869 年到1895 年间曾任同文馆教习，他当时是西学馆的负责人。京师大学堂于1902 年合并了同文馆。但自京师大学堂以下，全国范围内建立的新式学堂普遍缺乏受过新式教育的师资、校舍、设备、基金和开明高效的领导人员。设立大学堂易于设立中学，开办中学易于开办初等学校。整个体制的根基是最薄弱的一环。
地方上的教育主持人同样也从日本那里得到重要的启示。张之洞两次遣使团赴日本考察学制并购买教科书。他开始认识到，要在民间获得人才就必须实行普遍教育。不久，他邀请日本人做教习，这些人至少能与其中国同行、中国学生用文字沟通。他开始视日本为替中国培养新一代教师的理想场所：因为一衣带水的缘故，派遣学生留日比留学西洋耗资要少；又以日本的“文字制度”和中国相近，许多西文典籍已被译成日文，派遣留学生赴日学习的计划也较易实行。此外，留学生在日本，中国政府派遣学监监督也相对容易些。
早在1896 年，就已经有中国学生东渡日本求新学于东京。1898 年的维新运动被镇压之后，中国留学生于1899 年增加到约200人，1903 年这个数字达到了1000人，1904为1300 人，1905 年底差不多有8000人，到了1906年时，已有1 。 3 万人甚至更多的人在日本求学。但是大量赴日的人数超过了在东流求学的人数，而求学的人数又远大于最终毕业者。事实上，1912 年以前任何一年从日本知名高校毕业的中国留学生都没有超过700 人。在清朝最后10 年里赴日的成千上万的人当中，大致有一半是用中国政府提供的学费，而这笔款子主要是由省级和其他地方政府筹集的。他们通常是在省级新式学堂里读的预科，在此之后随每年一度的使团被派往东京。在那里，他们袭用了中国传统的形式，建立由同省人组成的同乡会。这种同乡会和几个世纪以来由官员、士绅和商人在北京和其他国内主要城市设立的同乡会馆是同一类性质的。这种做法的结果是为新的学制提供了更能激发起团体凝聚力的环境；在相当长的时间内，新式学制将越来越多的青年男性和一部分青年女性紧密地联系起来。这是旧的科举制度从未做到过的。正像中国的新式学生生活培养了地方主义和乡土意识一样，这种生活在东京滋养了中国人的民族主义情绪。中国的教育在这种方式下发生着无声的革命。传统经学让位于一种中西结合的学科建制。通过个人准备参加以传统方式命题的3 年一次科举考试让位给全日制的学校生活、更广阔的思想领域和更多的社交与思想接触。新的学制未能造就笃信孔子和听命于皇帝的忠臣孝子，却培养出了革命者。张之洞可以规定学生应当着浅蓝色制服、戴饰有红缨的制帽，并制定一大套繁琐的礼仪要求学生遵守，甚至以此为内容创作了一首校训歌曲。但科举制度的藩篱一经破坏，就再无可能抵御变革的大潮了。
不论在中国还是日本，新学的思想内涵至此已包含了许多西学的成分。尽管几十年间中西接触不断加强，中国知识界真正开始吸收西方思想还是1900年以后的事。此前，一位著名的西方小说介绍者林纤已经开始用笔录他人口译的方式创作他改写的狄更斯、大仲马父子、斯各特及巴尔扎克的作品。经他的笔介绍到中国的西方作品有156 部之多。而这时在渊源已久的文学生活中又加人了严复译注的西方自由主义经典作品。严复在供职于中国海军时，于19 世纪70 年代遍历各国，对英国尤为熟悉。考察各国后，他得出的结论是：西方强大的秘密在于它的思想。他成了赫青黎、斯宾塞的社会达尔文主义的信徒，坚信个人积极的自我实现必须有助于他所属的民族国家的生存竞争。严复认为，自由主义原则更多地需要用来增加中国的财富、增强中国的力量，而不只是促进个人的自由。但建立民主自治政体还为时过早。这位翻译家极力传达那些维多利亚时代英国的思想，他似乎认为这些思想对于晚清的中国社会最具现实意义。由严复作书评的T 。 H ？ 赫青黎《天演论》 文言中译本于1898 年面世，在这之后的10 年间，亚当？ 斯密、约翰？ 穆勒、孟德斯鸿和其他一些人的著作中译本也陆续而出。严复在他的翻译和评论中，通过褒扬、推崇西方的逻辑、法律和科学进化论，把中国的落后归咎于古圣先贤的精神侄桔。但是他这些批评只影响了很小一批读者，因为译文是用知识阶层才能掌握的汉语文言写成的。
新军：袁世凯的崛起
到1901 年为止，中国已经从过去的历史中继承了三种主要军事组织形式。当时，满洲八旗兵已经腐化成了一群只知道在僧多粥少的军晌上谋食的蛀虫，而汉军绿营虽然颇有战斗力，但是由于分受几省长官节制而各自为政，于清廷并无多大意义。1862 年，几千名八旗兵士装备了新式枪械，组成新的京散卫队。此后清政府又从驻北京附近的绿营军队中挑选精壮兵士，为之配备枪械并加以训练。但带兵将领的挑选还是通过一种无益实用的古旧程式进行的。他们必须善于骑射、长于剑术，能够臂开硬弓、力举磐石。1901 年8 月，旧式武举考试被废除，朝廷伤令建立新式军校。
第二种军事组织是由汉族文官指挥的地方团练。它们的原型是1852 年由曾国藩打破旧式军制、招募组建的湘军。湘军的兵源是乡绅提供的农民，这些人被编进500 人一营加180 名军需供应兵的军事组织中；名义上，3 名士兵配备1 名后勤兵。尽管后来曾国藩正式解散了湘军，实际上它一直存在着。与之共存的还有李鸿章组建的淮军和左宗裳等人组织的其他一些武装力量。这些武装都是19 世纪中期平叛过程中建立起来的。这些乡绅指挥、地方自募的军队不是简单的团练武装，而是由职业军人（“勇”）构成的正规军。由于有领导者的个人关系网和地方上的支持，他们成为地方利益的合法捍卫者，逐步取代了八旗兵和常驻地方的绿营兵，因此被称为保安军。淮军驻天津，受李鸿章管辖，湘军驻江宁（今南京），受刘坤一节制，这两支军队一度是这些互相竞争的武装力量中势力最大的派系。这些军队尽管已配置有近代的火枪和火炮，淘汰了旧式的火绳枪与滑膛炮，他们还仍然缺乏标准化军事装备、受过近代化教育的军官和专业参谋人员，更不用说工兵、信号兵、军需兵、近代运输工具或医疗后勤的配备了。
第三种，也是最新型的军事组织，是面对来自日本的侵略应运而生的。李鸿章和张之洞早在19 世纪80 年代就已开设了军事学院，聘请德国教习训练一支新的军官队伍。张之洞于1895 年在江宁按照德国样式建立了一支“自强军”。这支3000人的军队从农村青年中仔细挑选，择其精锐组建而成；士兵的军晌待遇很高。同时一支更为重要的军队则在袁世凯的指挥下发展起来。袁世凯尽管是文官，但他颇具军事才能。他是作为李鸿章的代理领事驻朝鲜时得到耀升的（注：1894 年，袁世凯率领清军击退进攻汉城的日军并夺持了大王公）。1895 年袁世凯受命在德国教习参与下训练一支新式禁军。这一计划由户部出资，他很快就在天津附近开始训练一支7000人的军队。这支军队的士兵从几个省募得，朝廷用高铜维持，希望以此杜绝常见的腐败现象。通过领导这支后来被称为“北洋军”的武装，袁世凯奠定了“北洋系”的基础，他本人也成了“军阀之父”。他早年的部下中至少有10人在辛亥革命后成为几个省的军事长官，有5 人（袁世凯本人除外）成为民国时代北京政府的总统或总理。
李鸿章和刘坤一分别于1901 年和1902 年去世；此时40多岁的袁世凯成了满清创建新式军队的主要人物。他继李鸿章担任直隶总督，在任期（1901 年至1907 年）内与满清上层密切合作，其中就有以腐败著名的庆亲王。此人自1884 年恭亲王失势下台后就一直把持着清廷总理衙门的最高职位。袁世凯建立的北洋军被分为相当于师一级建制的6 个‘，协”，附属于这6 个协的有6 所各具特色的军校，军队还设有自成系统、具体而微的总参谋部。加之士兵训练有素，军事演习给观者以深刻的印象，各省于是竞起仿效北洋军建立起自身相当不完备、更谈不上有任何实际效用的地方新军。
对于已经被各省与各地方势力之争消耗得筋疲力竭、支离破碎的清王朝而言，政治形势使真正的军事中央集权成了不可能实现的幻想。上以只年的军制重组使中国军队的主要控制权仍然留在省一级的地方机构中。建设新军的蓝图要求建立36 个协，但已建立的新军缺乏指挥、充分的财政和工业支持这些至关重要的构成要素。这一时期的创新主要体现在新式军校的创建上，如北京附近的保定军事学堂。这些军校此时造就了一批新的学者型军官，他们是充满爱国热情的军事活动家，既懂近代军事技术，又有学者们重整河山的责任感。这一时期，越来越多的日本教习受聘于军校，以替代先前高薪聘任的德国教习。中国军校学生也被派到日本的军校学习。在日本，中国军校生们看到邻国的榜样，再一次激起了更大的爱国热情。浙江人蒋介石当时18 岁，他于1 例万年人保定军校，于次年赴日本留学。
计政改革：中央对地方�