这其实也暗合了真理军的心理；他们要么是一群刚拿起枪的乌合之众；要么也只在远东共和国草草训练了几个月；跟正规军的自卫队正面作战；肯定是心虚。而遵循青木元为其制定的城市游击战方略；他们只需要欺负普通平民或者警察；骚扰公务机关并搞破坏；而真正自卫队前来的时候；他们则直接撒丫子走人；好不快活。
在转变方略之后；青木元指挥了真理教武装分子于东京都市圈；与进城的自卫队大约一个师团的力量进行了周旋。在作战之前；青木元特地破坏了东京的民用通信设施；这并不能对自卫队形成影响；但是却限制了东京居民为自卫队和政府通风报信的能力；同时也增强了城市的恐慌。
当人们大不了电话；甚至一些电网也被迫中断；街上传来零零散散的枪声时；很多东京市民也顾不得埃博拉病毒的危险了；带着家人和一些细软；从家中逃出来；想要从战区中撤离。公路上开始排起了车流长队；也使得自卫队的战车难以在东京顺利运转；特别是90式主战坦克这样笨重的家伙；根本无法在城市战中得到施展。
没有办法；自卫队员们只有放弃重型装备；徒步进入东京市区；开始对真理军进行围剿和搜捕。可是这注定是自卫队的噩梦；虽然真理军不会打大仗；正面作战也基本无能；但是搞这样有心算无心的偷袭；却是并不困难。
特别是真理军士兵手中的武器；很多都是中国和前苏联出产的自卫队神器；几个家伙背着一门迫击炮就出来了；看到游荡进城里的自卫队员；就支起小炮；朝着他们放一炮。60mm的迫炮炮弹威力不算太大；但是却让也没怎么经历过战争的自卫队员大为惊恐。往往真理军放过几下迫炮之后；就是轻重机枪在固定好的位置朝着自卫队员扫射。
自卫队员的战争经验甚至还不如一些真理教士兵；被这种打法打得神志不清；也损伤不小。或者有一些真理教士兵更加光棍；背着不用炮架的中国10箭弹；直接用引信发射；一个人扛着两个炮弹也能跑；看到自卫队就开火。自卫队被这种在城市的每个角落都可能出现敌人的战斗十分不适应；东京巷战开始的10个小时内；自卫队前线指挥官不得不向统合幕僚监部申请；以破坏建筑物为方式；为自卫队员们开道。
可是这样的手段肯定不能实行；东京市是日本的精华所在；而且也是各大财团株式会社的利益所在；以日本这种盘根错节的政商关系；富豪们得知自家写字楼、旺铺要被自卫队拿炮弹炸掉；而且之后的赔偿还没有个定计；自然不能容许。而统合幕僚监部要做出以毁坏城市为方式的决定；也是压力重大；根本不可能实施下去。
在没办法有效在城市内部推进的时候；自卫队只能为了避免造成更大的损伤；暂时停止了在东京更激进的攻击手段；而是占据一些要点；开始准备步步为营；跟真理教在东京继续打下去。
这不能说是很笨的方法；只能说是比较稳健的策略；可是这样下去；东京必然成为了双方争夺的主战场；而旷日持久的争夺；必然造成巨大的损失；不仅仅是在经济上的。
除了在东京；日本其他一些地区的真理军活动也同样猖獗。他们跟在东京的方略差不多；虽然没有老辣的指挥官青木元的带领；但是打得也并不难看。聪明一点的基本上都能做到踩好点；当自卫队来临的时候；就立即撤退到避难之地。然后继续在自卫队无法顾及的一些地区活动；破坏政府；杀伤公务员；并裹挟信众等。
这种强度的内战；自卫队的规模根本不足以应付；日本就算再小；也有大小市县几千；在一个县混不下去了；以几十人为一个单位的真理军立即转向下一个县活动；继续搞他们的破坏。而真理军所过之地；即便不算是满目疮痍；但造成的影响和伤害也是不小的。
最让日本政府和自卫队头疼的就是；真理军是奥姆真理教的军事组织；而任何一个军事力量；必须依靠于一个什么基于；才能够发展下去。游击战当年在中国可以执行；也是因为有着群众基础。不断扩张的真理教；虽然因为与政府冲突而丧失了一部分信众；但也有相当数量的人因为病毒；或者单纯信仰的问题；对奥姆真理教深信不疑。
而真理军活动的地区；基本上都有奥姆真理教建立的地方教会的。在奥姆真理教公开反叛日本当局后；很多原本还留在外面的地方真理教教会都转入了地下。一些真理教教徒都各自散布在不同的地方；看上去与平民无异；但是当真理军和真理教需要他们的时候；他们便跳出来提供各种援助；包括提供物资；提供情报等。
这也使得自卫队对于真理军的清剿变得异常困难；就如同当年日军在中国清剿土八路一样；有民众支持、遮掩的游击队；很难消灭。更何况日本比之当年中国算得上是建筑鳞次栉比、楼宇林立；而日本自卫队根本没有那么多兵力可以一座座楼的排查过去。
当然；更麻烦的是；此时还是埃博拉病毒传染爆发的时期；不少日本民众对于来来回回穿进穿出；可能带来病毒的自卫队十分不欢迎；抱着不合作的态度；更拒绝让自卫队进入到他们家里检查。
自卫队硬着头皮强闯；就可能造成人身侵犯的问题；而很多真理军还很贼；他们都是日本本地人；把武器藏在什么地方；然后找提前安排的一些住所；假装就是普通平民；日本自卫队也根本分辨不出来；只能于瞪眼。
而且；在长达数月的对真理教的围剿活动中；真理教也是不断在壮大的。感染埃博拉病毒的人越来越多；而且战争带来的创伤更让人恐惧且寻求寄托。显然日本政府已经是个烂摊子了；不少人已经叫嚷着让细川护熙下台；为整个事件负责。但是按照战时特殊的处理办法；只要细川护熙强撑着；别人也拿他没有什么办法。
麻原彰晃派出的真理教传教士在日本各地私下里活动中；他们主要接触那些生活在病毒和战争恐惧中的人；然后秘密地将他们集中在私密的活动场所；进行一场集中式的洗脑；而这个过程中；大部分信众都会成为对真理教的狂信徒；并愿意为了信仰付出一切；真理教组织再遴选出一部分人放出去；秘密地为真理军的活动服务；而他们认为还不够忠诚和虔诚的信徒；则继续进行洗脑教育。
战事越来越糜烂；而日本仍旧对于埃博拉病毒束手无策；甚至在围剿真理军的过程中；一些自卫队员也感染了埃博拉病毒；并造成了大量的非战争伤亡。一些自卫队员十分恐慌；他们随时可能被阴险的真理军偷袭；而且还要防备着高致死的病毒；任何的一次接触都可能造成感染；从而丧失生命。
在跨过这个混乱的年关；进入1994年的时候；日本关西的一支自卫队发生了哗变；一群自卫官枪杀了上级；并且一哄而散；各自逃离了。反正现在因为埃博拉病毒和真理教的缘故；日本各地政府已经处于半瘫痪的状态之中了；就算是他们当了逃兵和罪犯；日本当局想要捉拿他们都不那么容易；而且还有真理教要先处理；他们也轮不上。
于是；越来越多的日本自卫队员开始当逃兵开小差；不再与真理军作战；而是偷偷地逃离；甚至一些人还是带着武器弹药离开的；这更造成了日本社会中武器更加流传；增加了不安定的因素。
看着日本越来越败坏；美国方面也丝毫没有帮忙的意思。驻日美军在煎熬了一段时日后；终于被克林顿宣布从日本暂时性全部撤离；从日本撤离的不仅仅还有驻日美军；还有不少的外国侨民；这些侨民被各国组织的联合撤侨船先是带到海上进行隔离；超过40天没有任何问题后；然后又撤到其他地方。
中国则把一些中国在日侨民先在海上隔离；然后又撤到台湾岛进行观察；最后确认没问题再把他们送回各自故乡
日本就像是长得其丑无比；又一脸癞子的病人；全世界任何国家现在都唯恐避之不及；之前只有病毒的时候还有一些国家派出医疗救援队之类的组织帮忙；但与真理教的内战爆发后；很多国家为了避免本国人受伤害；就把能撤的人都撤走了。至于那些倒霉染上病毒的；就没有什么办法了。
而显然真理教的歪招还没有使完。
麻原彰晃认为现在虽然真理教和真理军生命力依旧顽强；但实现他谋朝篡位的野心；恐怕并不是一朝一夕可以完成；所以麻原彰晃命令他的部属们；增强埃博拉病毒的传播；并且对一些地区发动可怕的毒气攻击。
真理教选定了一些人口相对稠密的地方；确保自己人并不在其中；只不过由于担心病毒；所以很难有人口大量密集的地方；好在真理教囤积了大量的化学武器；沙林毒气之类都是成吨成吨的。这些化学武器攻击往往发生在日本政府还比较有效控制的地区；主要杀伤对象其实还是日本官方；以及自卫队。
倒是自卫队都配备了三防服；对于毒气的杀伤并不是很惧怕；但是普通人就相当麻烦了。在连续多日的沙林毒气袭击中；有超过一千人丧生；绝大部分都是平民。
细川护熙又赶忙发表声明；谴责真理教的邪恶行径；并第一次张口向世界各国请求援助；需要一切有必要的手段帮助日本解决埃博拉疫情危机以及*的奥姆真理教。
而麻原彰晃也不甘示弱；他宣称：“旧世界沉破的秩序已经走到了尽头；宇宙的规则我已看清；一切将要重新开始；末日天启已经来临；认不清形式的愚者；只有被彻底毁灭一条路；只有认同了我；认同了宇宙至高的真理；才能在末日中得到解脱；并生于全新而更美好的世界”
他的观点自然被正常人嗤之以鼻；但是很多对奥姆真理教中毒已深的信众；对此却是深信不疑；更多奥姆真理教教徒觉得那些不信他们的人；都是注定被消灭的东西；而他们对这些人的杀戮；将会是对邪恶存在的解脱；更是促进新世界的来临；早日结束末日的方式。
日本也愈加混乱了。
期间；日本政府也俘获过一些真理教的人士；也确实发现了他们对埃博拉病毒是免疫的。兴奋万分的日本医学界人士想要用当