于是，朱姆沃尔特立即开始实行他著名的“ZWIs”计划。简而言之，“ZMIs”计划的内容就是：掠行艇将深入到河流的上游巡逻，驶入越共活动猖獗的地区，用轰鸣的马达吸引敌人的注意。在用这种方法牵制敌人的情况下，为了保证空运的安全，士兵们还要用无线电通知对敌区进行轰炸。
士兵们被鼓励要勇敢作战。对于这个新的作战安排，在克里到达之前的一个月，也就是1968年10月便被部署下来。一个叫做迈克尔·伯尼克的船长指挥自己的掠行艇顺着河道一直向上巡逻，到达了越柬边界的一条运河处，远离了美军的控制范围，同时这也侵害了柬埔寨的中立性。越共在禁行水域看到迈克尔·伯尼克和他的船时，目瞪口呆，而美军则趁机开了火，就像记录片《快船，勇士》中的情景一样。双方交火，五个越共士兵丧生。回到基地以后，迈克尔·伯尼克被召到西贡，他可能要面临军事法庭的审判。但是基于敌军的伤亡数字和伯尼克的突击能力，朱姆沃尔特主动介入。“我决定授予他一枚勋章，而不是判他有罪，还要把这条小河重新命名为伯尼克小溪。”在片中朱姆沃尔特这样说。
实际上，2000年朱姆沃尔特回忆越战的时候提到了他的儿子埃尔莫·朱姆沃尔特，他也是一个掠行艇船长，在巡逻时穿过了边界，进入了柬埔寨地区，违反了禁止开火规定，并击沉了几艘舢板。“对于他的行为，我不知道怎么办。于是我把该问题移交到海军参谋长那里，他长时间思考后决定，埃尔莫必须接受军事法庭对他的审判，因为他违反了规定；但他也将因此战功而被授予一枚勋章，因此两相抵消。”朱姆沃尔特回忆道。
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为了保护掠行艇的全体士兵，在1969年1月，朱姆沃尔特批准大量喷洒一种叫落叶剂（橙剂）的化学制剂，它可以杀死河岸边树木和植物的叶子，而茂密的枝叶则是越共在密林中隐身的天然屏障。朱姆沃尔特估计，如果没有橙剂的协助，掠行艇上的士兵就有70％～75％死亡或受伤的可能性。
“掠行艇的船体是由铝制的，仅仅有八分之一英尺厚。”几年后他写道，“敌人用B40就可以把它击沉，B40是一种旧式的火箭筒，是手持便携式火箭筒。在茂密丛林的掩护下，敌人随时都可以在侦测不到的情况下对我们发动攻击。”朱姆沃尔特对化学落叶剂的依赖导致了难以弥补的恶果。他的儿子埃尔莫·朱姆沃尔特于1988年因癌症去世，其家人认为落叶剂是罪魁祸首。但在家庭的联合传记中，父子俩都认为落叶剂对于保护美军生命是必要的，并为其作了辩护。在越南期间，克里也接触过落叶剂。当说起2003年的前列腺癌事件时，他认为这可能是遗传所致。而说到落叶剂是否与朱姆沃尔特死亡有关的时候，他说他对此表示怀疑。
在1968年12月的第二个星期，克里掌管了他的第一个“高速巡逻艇”——这是官方对掠行艇的称谓。克里被任命为PCF44号的船长，他们最初的任务就是把石油工人运送到海上石油开采平台，这些高速艇并不能给他们提供安全保障。因为子弹可以轻松穿透船体，所以士兵们在船的两翼都布置了重型机枪。船只引擎轰鸣的马达声也招来了越共伏兵的注意。25节的高速航速是这种船只惟一的安全保障。但是，在这种狭窄的、布满重型水雷的水域，掠行艇并非总能以高速行驶。这种掠行艇典型的配置就是由受过大学教育的船长——如克里——和五名蓝领士兵构成，士兵的平均年龄在19岁左右。掠行艇最易受到攻击的位置是操控室，在这儿，要有一名士兵对两门50毫米口径的机炮进行操控。另外船尾也配备了一名机枪手。而克里的任务就是等待，只要隐藏在密林深处的越共游击队向他们发起袭击，他便组织船员进行还击。
对克里来说，这种战略最大的问题就是，对于在沿关键河流和运河的宵禁区违反宵禁令的越南平民，美军有权向他们射击。自由交火政策的颁布意在遏制伪装成越南平民和隐藏在越南村民中的越共分子对美军的突袭，从而在更大程度上对美军士兵进行保护。但是，船长们必须要小心。海军报告记录了一次突发事件，在这次事件中，眼镜蛇直升机为了援救一艘掠行艇而致使七名越南平民丧生，这次事件促使一名美军军官写道：“美军军事行动所带来的伤亡完全不必要并可以避免。”此后，美军也为带来的伤亡作了补偿，以减少因此而导致的平民心理上的抵触情绪。在这次报道中没提到克里的船只，克里也声称他并未卷入到此事当中。但是这份报告突出地说明，这次冲突是每一位船长都可能遇到的。船长们一方面被告知在执行任务过程中，要努力避免伤害平民；但与此同时，他们又被鼓励在自由交火区发生交火时，要加大打击力度和射击范围。如果一名平民在自由交火区或是在交叉火力中被射杀，这种死亡是可以被理解的；可是在丛林中敌我交火时，你很难区分敌人和盟友。
最初的时候，克里内心对自己的任务还有一些矛盾。但是他那贵族般的气质吸引了士兵和他的指挥官们的主意。把所观测到的资料记录在纸上、磁带中和胶片上是克里的习惯。一些士兵称克里正在循着约翰·肯尼迪走过的道路。“我们都知道有一天他会去竞选总统。”掠行艇上的一名士兵杰瑞·利兹如是说，他曾经与克里一同执行过任务。“想想他们的首字母都是JFK，都来自马萨诸塞州，也都在海军战船上服役过，这真是太难分别了。”
罗伊·霍夫曼作为一名指挥官曾视察过所有的掠行艇，并鼓励他们积极作战，他与克里存在着一些矛盾。“那非常的明显，他不喜欢任何人的权力在他之上，”霍夫曼说，“无论分配给他什么任务，在他看来它都是愚蠢的、拙劣之极的想法。”
克里后来对快艇战术表示慎重的忧虑，可霍夫曼说他从来没直接听到克里谈论过这些（快艇）问题。霍夫曼记得的只是他必须对克里和每一位船长施加压力，强迫他们执行命令。
“说好听点，克里有一点不受控制。”霍夫曼回忆道。在要求详细说明这个问题的时候，霍夫曼说：“他的行动常常偏离我们的计划，有时候他做的并不是我们计划的一部分。”但是霍夫曼还说，他很钦佩克里勇于追击敌人的勇敢行为。
伯尼克是一位典型的性格激进的船长，他和克里十分相似，也是一位受过高等教育的新英格兰人。他在越南就认识克里。“我非常喜欢这个家伙（在越南的时候）。”伯尼克说。不久以后，由于克里积极参加反战运动，他与克里断绝了来往。“但是我知道其他人认为他冷漠、孤僻、漠视他人。”但无论怎样，伯尼克对于克里在越南时的勇敢都毫无质疑，他曾亲眼见过克里深入到一个周围布满地雷的区域执行任务。
“我说：‘快离开那里，很危险。’约翰只是耸耸肩，仍旧走了。”伯尼克回忆道，“约翰无所畏惧。”在1968年圣诞节的前夕，克里50英尺长的铝制小艇进入了柬埔寨水域，他也将直接同自由交火政策打交道，而对他来说，这种政策毫无价值。
美国认为越南敌人将会遵守圣诞节停战协定，克里也一直期待一个安宁的节日。但是当迫击炮弹在克里和五个船员周围爆炸时，这个仅仅承诺了三分钟的协定也随之化为泡影了。
“敌人在哪里？”一个同伴喊道。
据他的副指挥、来自伊利诺斯州的詹姆斯回忆，克里当时命令：“开火，干掉他们。”在远处，一个正在放水牛的老人处在了交叉火力的笼罩之下，也被十几个潜伏的越共机枪手当做人体掩体。瓦塞尔说，他的M60机关枪击中了这个老人，老人跌入水中，大概死了。敌人现在全部暴露在射程范围内，在另外两艘掠行艇的支援下，克里及其船员全力向其开火还击，立即使这个机枪点哑了火。
战斗结束以后，越共死的死、伤的伤，还有一些在逃窜。显然，一名越南平民被射杀了，另外两名向克里小队报告敌人行踪的南越的盟友也一死一伤。
也就是在这一夜，当一些南越的盟友为了庆祝节日向河里射击的时候，克里和他的船员们差一点就死在盟友的枪下。
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克里回忆说他们后来进入了柬埔寨腹地，尽管尼克松总统对美国公众承诺：“在中立国绝不会发生战斗。”可这个美国年轻海军再也不相信政府的声明了。
回到基地，就像往常一样，克里疲倦、孤独地坐在他的打字机前，倾诉着他的悲伤。他不仅把自己看做是一名士兵，他还把自己当做战争的旁观者，他一直以来都不断地从小说中找寻灵感，如约瑟夫·康纳德的《黑暗之心》。
在他称之为《战争记录》的日记中，最震撼的记载之一就是圣诞节前夕的事件，那时他对死亡似乎还很陌生。
他以第二人称方式叙述了这一段，这读起来就像是一部中篇小说——他勾勒出一个和平美丽的自然，然而，炮火所带来的恐惧彻底打破了他的幻想。
“今天你向这个地区的北部边缘进发——向着柬埔寨，在那里新的东西将会令你的神经兴奋不已。”他回忆自己发动引擎之后，听着引擎的轰鸣，掠行艇向河的上游驶去，一道道浪花泛起在船舷两边。
克里对途中所见的密林和水牛印象很深刻。“水牛深黑色的，看起来很强壮，它不停地摩擦着自己的背部，那长着很多疥疮。可是船的轰鸣和激起的道道水纹破坏了这里的宁静，这简直就是犯罪。你不得不把船速降到最低，在清晨的薄雾中，你似乎在与幽灵一同舞蹈。”