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不料女娃却是天生不凡，又曾得神农传授上清大法，那龙王太子却不是对手，龙王太子子见打不过精卫，只好灰溜溜地返回大海。过些天，精卫到海中游泳，正玩得十分开心，刚巧让龙王太子发现了。他游过来，对精卫说：哪天在陆地上让你捡了便宜，今天你跑到我家门前，赶快认个错，不然我兴风作浪淹死你。精卫倔强地说：我没错，认什么错。龙王太子见精卫倔强，根本没有服输的意思，立即搅动海水，掀起狂风恶浪，精卫来不及挣扎，就被淹死了。
精卫死后，变成一只红爪白嘴的小鸟，立志要把大海填平。她用嘴衔来石头与树枝投向大海，并发出精卫，精卫的叫声，像是在激励自己。她年年月月，永不停歇。那龙太子却是不知此事已为他龙宫埋下了祸根，日后差点让他龙族灭族。
神农听说女娃掉到海里淹死了极为悲痛便做歌曰：精卫鸣兮，天地动容！
山木翠兮，人为鱼虫！
娇女不能言兮，父至悲痛！
海何以不平兮，波涛汹涌！
愿子孙后代兮，勿入海中！
愿吾民族兮，永以大陆为荣！
神农伤心幼女之死无法视事，容颜也日渐憔悴，众臣民极为着急，却是无法可想。一日有人对神农说道：“您的老师清虚道君乃是有大法力的神人，您为什么不去求他呢？或许清虚道君可以救活女娲也未可知。”神农一听眼前一亮忙驾云来到王屋山求见清虚。
此时正在上清观内打坐的清虚轻叹一声，睁开双眼对白翎说道：“白翎，你去告诉神农，女娃之事我已知晓，却是女娃命中当有此一劫难，劫数满了自可脱身。”白翎出洞府将清虚所说告诉神农，神农顿时化悲为喜，问道：“老师可说我儿何时可脱劫难？”白翎说：“这个老师倒是未说，想必是时候未到吧。”神农虽说依然有些悲伤，但想到女儿迟早会脱劫，自己父女还有相见之时顿时不是那么悲伤了，忽然想起这些日子因为女娃之事荒废了许多时日，不由暗道一声惭愧，忙向白翎告辞回部落去了。
神农回到陈地便继续研习丹术，花费数年时间终于在炼丹之术上略有所得，炼制出了一些可以治病的丹药，神农很高兴，将所有自己领悟出来的东西都交给了愿意学的族民。
清虚自将公孙轩辕带到王屋山之后，便以万年石钟乳为其洗髓阀骨，喝的是琼浆玉液，吃的是灵芝仙果，每日为孔宣讲道时便让白翎将轩辕抱在一边听讲。不过两年时间轩辕便有常人十五六岁大小，清虚便让轩辕每日清晨随孔宣习练武艺，然后与孔宣一起听清虚讲那上清大法，晚上便随清虚学习兵法策略，及农林牧耕之术。
匆匆十多年时间便过去了，轩辕也长到十五岁了。这一日清虚将轩辕叫来说道：“为师当年与你父相商，你上山学艺十五年便让你下山回家，如今十五年时间已到，你收拾下山去吧。你父乃是轩辕丘有熊部落首领少典。”轩辕问道：“不知弟子何时可再见老师？”“有缘自可相见，修做儿女之态速速去吧！”
轩辕叩首拜别道：“老师，弟子去了。”说完便出了上清观驾云向轩辕丘飞去，从王屋山到轩辕丘路程虽然颇远，但轩辕这些年受清虚悉心教导，且自身也是天赋异禀，短短十来年时间便已达到天仙道果。从王屋山到轩辕丘不过数天时间便已到达。
轩辕到达轩辕丘后便直接向族长住处行去，却一时迫不及待的想见到父母，虽然轩辕已然达到天仙境界，但毕竟还是一十五岁少年。轩辕走到族长的屋前对守在门口的部落战士说道：“请这位大哥进去通报一声，就说十五年前离家之人回来了。”
此时的官员却是还没有后世那许多规矩，那战士虽看轩辕一身道袍有些奇怪，但还是让轩辕稍待，自己进去向族长通告。一会只见从大屋中跑出一群人，有老又少、有男有女。一妇人跑出便将轩辕抱住说道：“我的儿你可回来了，为娘还以为以后再见不到你了。”说完便一阵哭声。轩辕见状便知乃是自己的生母附宝夫人，忙轻声安慰。这时就听见有人说：“好了，轩辕都回来了，附宝你就不要哭了。”轩辕知道这应该就是自己的父亲少典，忙上前拜见。
少典将轩辕接入屋中便迫不及待的问道：“轩辕，不知清虚仙长交给你什么本事？”轩辕答道：“老师交给我上清仙法，兵书战策以及农林牧耕之术。”少典闻言大喜，说道：“轩辕，为父已经老了，部落中有些事已经力不从心了，你既然从仙长那里学来这么多能耐，那么为父就将这族长之位传与你。”
轩辕说道：“就怕族人见我年少不服于我。”少典道：“我儿过虑了，清虚仙长乃是两代帝师，你是清虚仙长的弟子，他们有怎么会不服你。”轩辕听父亲如此说便回道：“既然如此那我就接下这族长之位，用老师教授的知识造福族人。”又不由想道：“原来老师在人族中有这么大得名望，一定要好好干出点成绩来，却不能让我将老师的面皮丢了。
数日后少典便在周围几个部落的见证下将部落首领的位置传给轩辕。
第二卷 人族当兴
第七章 祖巫殿蚩尤请刑天
轩辕接任族长的位置之后便照清虚所传授的方法，开始教授族人更好的农耕之法。神农教人们将山林焚毁，然后在焚毁的山地上种田，轩辕发现这种方法有时很不好。当人们烧山之时有可能遇上逆风，那样不但山烧不成，而且还会将放火烧山的族人烧死。而且这样的田地耕种数年之后肥力会下降，田里收获的粮食会越来越少，人们就会放其原有的田地，转而继续烧山为田，将山林慢慢的毁去。轩辕发现将人或动物的大小便埋在土中可以提高田地的肥力，这样土地便可以继续使用而不用继续冒着被烧死的危险去烧山为田。轩辕还用清虚所教授的方法来训练部落的勇士，使他们的战斗力增长了很多。周围的部落闻听有熊部落强大且其为帝师清虚道君的弟子，便纷纷率部落归顺，先后有熊、罴、貅、貙、虎、雕、鶡、鹰、鸢九个大部落归顺，使得有熊部落的实力越来越大。轩辕的名声慢慢的传遍了整个洪荒人族部落，神农听说这位师弟的所作所为后非常高兴，常对人说：“有熊部落的公孙轩辕乃是贤者，日后我将效仿伏羲氏将天下共主之位传于轩辕。”
神农的儿子榆罔听说之后非常不服气，对神农说道：“父亲为人皇，日后人皇之位也当由我继承，他公孙轩辕有何德何能可当天下共主。”这榆罔从小聪明好学，后来习文练武，成长为一位能征善战的大将军。曾有东夷部落之人不服神农管教进犯神农氏东部边境，十七岁的姜榆罔奉命驻守旧都伊川，并且在那里筹建军队，与东夷人作战，多次击败敌人，受到了神农的夸奖和族人的崇拜。
当时有燧人氏的后代仓颉认为自己乃是圣皇燧人氏的后代且独霸一方，没必要遵从别人为帝，于是拒绝朝拜炎帝，并且率族人东征，神农为增加轩辕的威望便让轩辕率有熊部落的勇士征讨仓颉，轩辕接到神农的命令之后师熊、罴、貅、貙、虎为前驱，雕、鶡、鹰、鸢为旗帜，不过数月时间便击败仓颉，仓颉见轩辕的有熊部落强大，而且轩辕长的器宇轩昂仪表不凡，认为轩辕以后定能成大事，便率部落投降融入了有熊部落。人族众部落闻听更是敬畏轩辕，神农听后也是极为高兴。
巫族自与妖族大战之时由于抽调了几乎所有部落的大巫，在被华胥偷袭时便几乎被灭族，只剩下寥寥数人，留守祖巫殿的大巫刑天和九凤关闭了祖巫殿在殿内闭关，守护巫族的圣地。而其他大巫、小巫、巫人更是躲入各处大山之中不再出世，而妖族更是凄惨，妖神修为的大妖更是几乎死光，巫妖二族似乎已然退出了洪荒的舞台。
却说那巫族有一大巫名换蚩尤，也曾随祖巫攻打天庭，在众祖巫自爆欲杀死太一时被波及到而身陨，按说巫族没有元神身陨后自当消失在天地之间。可这蚩尤却是巫族众大巫之中的一个怪胎，其年少之时曾误食一支仙草，慢慢的却是产生了元神，众祖巫大异之，命蚩尤将那仙草的样子画下来，命众巫人在洪荒中寻找，耗时亿万年却是一颗也未找到，众祖巫只好不了了之。那蚩尤在身陨之后一点真灵飘飘荡荡来到九幽黄泉阴阳二气轮回盘前，投身其中转世投胎，蚩尤在轮回中浑浑噩噩转世数十世。在这一世投身到九黎部落时身上的巫族血脉才开始慢慢觉醒，族人见蚩尤能征善战便在老族长过世后推举蚩尤为部落首领。
终于蚩尤身上的巫族血脉完全觉醒了，蚩尤的一身神通也慢慢恢复了，蚩尤的巫族血脉觉醒后思及远古之时巫族的荣光，不愿看到巫族就此落寞，便开始在洪荒各处邀请巫族剩余的族人相助，那些小巫、巫人看到蚩尤的大巫血脉全部汇聚在了蚩尤的麾下，但是众大巫中除却与蚩尤关系最好的风伯、雨师愿意相助蚩尤，其他人均不愿出山相助蚩尤。蚩尤极为不满却也是无法，这时风伯对蚩尤说道：“蚩尤，你虽是大巫中的强者，但是那些活下来的大巫也都不弱，你在他们中的威望不足，他们都不愿听从你的领导，大巫刑天乃是我巫族和后羿并称的祖巫之下的最强者，而大巫九凤是祖巫强良的妹妹，他们二人在巫族中素来声望极高，如果你能请出大巫刑天和九凤相助，那么其他人都会来帮助你。”蚩尤一听顿时高兴起来，赶忙起身向准备到祖巫殿去请出大巫刑天和九凤。雨师见状忙阻止蚩尤，说道：“蚩尤，刑天和九凤自从巫妖大战之后便心灰意冷，为保存我巫族的血脉和圣地二人一起在祖巫殿看守祖巫殿，却是不见外人�