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针对皇帝的“四病”（酒色财气），万历十七年（1589年）十二月，大理寺评事雒于仁，连进了大胆、恳切、尖锐的谏言。大意是：臣闻嗜酒则腐肠。陛下八珍在御、解酌是耽，卜夜不足，继以长夜。此其病在嗜酒也；变色则伐性。陛下溺爱郑贵妃，靡言不听，忠谋摈斥、储位久虚，此其病在变色也；贪财丧志。陛下传索帑金，括取币帛，甚且掠问宦官。有献则已，无献则谴怒。李沂之疮痍未平，而张鲸之赀复入，此其病在贪财也；尚气则戕性。陛下今日榜宫女，明日赀中宫，此其病在尚气也。最后又说：“四者之病，胶绕身心，岂药石所可治？”既然药石不能医治，所以雒于仁特进“四箴”，陈请皇帝自行根治。万历览奏以后，火冒三丈，怒不可遏。渝令重处。但是由于雒于仁所上的谏言既符合实情，又获得文武百官的支持，经过申时行等阁部大臣的奋力论救才未受到重刑，但还是被罢官为民。雒于仁虽然为此而丢官，但他所讲的“四病”，不仅紧紧地缠绕了万历的一生，且因此而加速了大明帝国的灭亡。
从万历二十年（1592年）开始，一直到四十八年（1620年）七月万历驾崩为止，在这二十八年的时间内，万历不仅不视朝、不祭天、不拜祖，就连大臣们所上的奏章都懒于过目，更谈不到亲自批阅。
万历二十九年（1601年），大雨成灾，黄河暴涨改道，向南夺淮入海。所过之处，积水丈余。漕河被毁，祖陵（泗州、凤阳）被淹，千里之内尽成汪洋，数十万灾民无家可归。又由于漕运不通粮船受阻，使京师、边镇严重缺粮，情况万分火急。为了及时排除灾害，大学士沈一贯详细陈明利害，恳请皇帝先发内帑进行救济，并尽快点用治河大臣，立即进行治理。情况虽然万分紧急，但万历却对所上奏章连看都没看。因为没有皇帝的谕旨，事情又十分重大，没人敢于用“讲旨”的办法去冒险，只得搁而不办。
万历三十二年（1604年）五月，京郊地区连降大雨，经月不停。致使京师内外商民房屋倒塌数千间，压死民众数百人，长陵陵碑也被雷火击碎。又因四月以来，天气闷热，连日阴霾，天寿山陵区的数万株松树枝叶全被害虫吃光。这在当时，是上天“惩戒”的不祥之兆，本应引起万历皇帝的“惕然惊惧”。但是由于呈报的题本他依然未看，所以毫无反应。为此，部院大臣除继续联名上疏强烈陈请外，又到文华门外集体跪请，想以此引起皇帝的警觉与重视。但万历皇帝根本就没有起床。臣僚们白白在门外跪请了一个上午，中午万历起床以后，服侍太监才将群臣在门外跪请一事禀告给他。由于事先未看奏章，不知道跪请的原由，万历以为是挟君犯上，立时大怒。派司礼监太监传出口谕，斥责说：“各守心供职，勿要挟沽名。”臣僚们不但未受到褒扬，反而落了个“要挟沽名”的罪名，无不垂头丧气，愤然而去。
万历初年，张居正曾联系古代帝王的实例，多次教诲万历皇帝要崇尚节俭、戒奢侈。天子富于四海，家国一致，国家财富便是皇帝之财富。首辅的谆谆教诲，着实令这位少年天子感动了一番，并立下“以四海为家；贵五谷贱珠玉、布德修正，团结民心”的宏愿。但自从张居正家中抄出二十万两金银之后，他才顿悟到太仓库的储银虽然堆积如山，但自己既看不到又摸不着，不如将金银储在内库，看着亲切，用着方便。因此便以种种理由，向光禄寺、太仆寺和太仓库索银储入内库私用。以后，又在奸人和太监的迎合诱惑下，以开采银矿、滥事征税的方式，在全国范围内进行了长达二十四年之久的敛财搜刮。其结果是财货上流，万民皆怨，使国家的经济秩序完全陷入土崩瓦解之地。出现了国匮民穷、政纪废弛、人心涣散、最腐朽最危机的败亡局面。正如刑部郎中贺中轼说：“惟民穷财尽之败不可救”，只能“速其天下之乱耳”。
朝廷上下，贪污中饱，腐败糜烂，必然要严重地削弱军备。边镇兵卒不仅粮饷不足，其冬衣棉布也屡欠不发，致使大批军卒“衣不盖体、菽不压口、冻馁而戍”。万历二十九年（1601年）六月，巡按御史马永清奉命巡视边关。当他到达紫荆关马永堡时，突然感到恶臭扑鼻，令人作呕。他迎着臭气查找，原来是两个老兵正在沟边烤食死尸身上的烂肉，身边的尸体已爬满了苍蝇。马永清虽是久经沙场的边关大员，但见如此凄惨之景，竟禁不住潸然泪下。
兵卒衣食无着，只得被迫“卖其弓箭、或质其妻子以救旦夕之命”。有的边镇，下级军官和兵卒为求生存而不顾军法偷卖火药：“自辽阳至镇江，其间许多镇堡，官上火药暗里偷出，或五、六百斤或千余斤……数年以来，辽阳一带火药，尽皆见失。镇堡之官，亦不时点检，徒闭虚库”。万历四十七年（1619年）七月，墩军宋满仓伙同数人，趁夜间风雨大作之机，竟将空府炮台上的大铜炮偷出卖给外夷。
军卒“衣不盖体，菽不压口”的结果，除了偷卖军器外，还三五成群逃入敌营，“愿奔外夷为乐土”。仅辽东义州所属的几个边堡，一个月内就有2300人出逃。其边备废弛，军心涣散、斗志沦丧到了无法挽回的地步。就是戍守京师的三大营也名存实亡。三大营额军为十余万人，工科给事中王元翰披露，这十余万人“其中能战者，不过数百而已”，其他均是老弱病残或市井无赖，根本没有战斗力。
政治腐败，边备废弛，军心离散，必然招致外敌入侵。崛起于东北边陲的努尔哈赤，抓住这个千古难逢的契机，乘虚而入。大明帝国的名将如今已丧失了戚继光、谭纶、俞大猷、刘显等呕心沥血所训练的严明军纪和顽强斗志的军队，已然到达如此地步，其结果只能是以清代明，重新开始历史的新纪元。
最后的归宿
万历十一年（公元1583年），就在万历皇帝清算张居正，并到天寿山寻找自己死后乐园的这一年，位于白山黑水之间的女真族人、25岁的努尔哈赤便显示了他过人的军事才华。由于明朝辽东总兵李成梁用计杀死了他的祖父和父亲，他便凭借祖上遗下的十三副铁甲，和族人一起对明发难。当万历皇帝接到边廷上传来努尔哈赤要求归还祖父、父亲尸体的消息时，他绝没有料到不久的将来，就是这位努尔哈赤会和大明分庭抗礼。他心平气和地封努尔哈赤为建州卫都督，并加龙虎将军衔。万历的册封，使努尔哈赤如虎添翼，他不断吞并周围部落，在征战中创立和完善自己的军事组织；与此同时，他下令开采金银铜矿，置办冶炼，鼓励民间养蚕，发展手工业生产。他已不满足于做明朝的臣民，他觉得自己应该拥有更多的土地和人民，就像历史上所有的君主那样，凭着不断的进取赢得天下。这样的理想和由此而来的奋发精神，是在故纸堆和脂粉中长大的万历皇帝所不具有的。
努尔哈赤出身于建州左卫苏克素浒河部、赫图阿拉一个没落的奴隶主家庭。他的祖先猛哥帖木耳曾被朝廷任命为建州左卫指挥使。由于家道中衰，努尔哈赤年轻时，为生活所迫曾采集松籽和人参到抚顺出售，在与汉人接触的过程中，学到了很多本族所未有的东西。出于好奇和崇尚武功的天性，努尔哈赤从小喜读《三国演义》，但那时他从未想到正是以这些汉人所创造的用兵之计，若干年后，率铁骑征服了大汉子孙的帝国之邦。
从万历十一年（公元1583年）到万历四十六年（公元1618年），正当万历浑浑噩噩，沉溺于酒色之中，热衷于搜刮珠宝时，努尔哈赤已经在东北的莽莽雪原上建立起了一支与明王朝争夺天下的军队。同时，乘明军抗倭援朝、辽东空虚之机，继续扩张势力，并针对帝国狂妄自尊和辽东总兵李成梁的骄横，巧妙地实行对明朝表面恭顺，而在暗中称王称汗、积极发展势力的两面政策。经过25年的积极准备，终于在万历四十六年（公元1618年）四月十三日，以发布“七大恨”告天为起点，把进攻的矛头正式指向明朝，从此，揭开了中国历史以清代明的序幕。
其实，早在十年以前，努尔哈赤的�